Aerobni septički sustav je septički sustav u kojem se bakterije potiču na rast u svrhu daljnje razgradnje efluenta iz septičkog sustava prije nego što se ispusti. Ovi septički sustavi zahtijevaju manje prostora i mogu se koristiti kada konvencionalna anaerobna septička ne može stati ili nije praktična. Također se mogu koristiti za naknadnu ugradnju ili popravak konvencionalnog septičkog sustava koji je počeo neispravno. Brojne tvrtke proizvode aerobne septičke sustave, a mogu ih ugraditi vodoinstalaterski i septički stručnjaci.
Početna obrada u aerobnom septičkom sustavu slična je onoj u konvencionalnom sustavu, s otpadnom vodom koja teče u spremnik koji omogućuje taloženje krutih tvari na dno dok tekućina teče u sekundarni spremnik. U ovom spremniku puhači održavaju kretanje zraka kako bi aerobne bakterije mogle napredovati i prerađuju otpadnu vodu koja istječe kroz drugu cijev. U nekim regijama, otpadna voda se mora sterilizirati kemikalijom kao što je izbjeljivač prije nego što se može ispustiti, kako bi se ubili mikroorganizmi u otpadnoj vodi.
S aerobnim septičkim sustavom potrebno je manje prostora jer sustav vrlo brzo obrađuje otpadnu vodu zahvaljujući mikroorganizmima koji obavljaju posao. Međutim, sustav može biti skup za pokretanje i održavanje. Za rad puhala zraka i mješalice u spremniku potrebna je struja, a mora se paziti da je ravnoteža mikroorganizama u spremniku zdrava, što znači da ljudi moraju paziti što talože u septički sustav; ako redovito koriste izbjeljivač u svojim zahodima, na primjer, to može poremetiti bakterije.
U nekim regijama ljudima je dopušteno instalirati aerobni septički sustav samo ako su voljni sklopiti ugovor o održavanju s certificiranom tvrtkom. Ovaj zahtjev je rezultat zabrinutosti za javnu sigurnost, jer ako se aerobni septički sustav ne održava pravilno, može rezultirati širenjem bolesti iz nepročišćene otpadne vode. Tvrtke koje instaliraju takve sustave često su kvalificirane za obavljanje održavanja i mogu sklopiti ugovor o održavanju u vrijeme instalacije.
Ovi sustavi su prvenstveno dizajnirani za upotrebu u malim razmjerima, djelujući kao minijaturni uređaj za pročišćavanje vode za jednu rezidenciju, a prvenstveno se koriste u ruralnim područjima. Dobiveni sterilizirani efluent može se koristiti za ukrasno vrtlarstvo ili uređenje okoliša, a ne smije se nanositi na prehrambene usjeve, samo u slučaju da je bilo koji mikroorganizam uspio proći kroz sustav.