Mikrovalna pećnica zasigurno je najkontroverznija od svih izuma vezanih za kuhinju. Velik dio zabrinutosti oko sigurnosti mikrovalova odnosi se na količinu zračenja koju emitira. Riječ “zračenje” za nas je nabijena raznim konotacijama, jer živimo kao i mi u doba nuklearne energije. Mikrovalna pećnica proizvodi zračenje kada radi, ali važno je definirati što je zračenje i kakve opasnosti predstavlja za ljude, ako postoji.
Znanstveno govoreći, zračenje se sastoji od svih valova koji čine dio elektromagnetskog spektra. Vidljivo svjetlo, radijski i televizijski signali te infracrvene zrake koje koriste daljinski upravljači su svi oblici zračenja. Stalno smo u određenoj mjeri okruženi svakom vrstom zračenja. Kao što većina ljudi zna, neki oblici zračenja, poput rendgenskih zraka, mogu biti opasni ili čak smrtonosni u dovoljno velikim količinama. Zračenje koje koriste mikrovalne pećnice ima vrlo dugu valnu duljinu, tako da nije vidljivo našim očima. Međutim, on je na pravoj valnoj duljini da pobuđuje molekule vode, zagrijavajući ih, a to zauzvrat zagrijava hranu koja se nalazi u mikrovalnoj pećnici.
Velika većina mikrovalnog zračenja koje proizvode mikrovalne pećnice sadržana je u samoj pećnici dok je u radu. Mala količina može pobjeći, a to je normalno i nije razlog za zabrinutost. Bilo koji od učinaka ili opasnosti koje predstavljaju mikrovalne pećnice prilično su blagi u usporedbi s opasnijim vrstama energije kao što su gama zrake i x-zrake. Glavni rezultat izlaganja predmeta mikrovalovima je da će se zagrijati. Stoga su opekline glavna opasnost koju predstavljaju mikrovalne pećnice, kao što je slučaj sa svime drugim što koristi toplinu za kuhanje hrane.
Nekada je bio slučaj da su male količine curenja iz mikrovalne pećnice mogle ometati rad srčanih stimulatora ako je netko s pacemakerom stajao preblizu mikrovalnoj pećnici predugo. Oni koji dizajniraju pacemakere i baterije koje koriste otad su ispravili većinu ovih problema, iako ne postoji jamstvo da mikrovalna pećnica ne radi ne bi mogla predstavljati neki oblik opasnosti. Iako je većina mikrovalnih pećnica potpuno sigurna za korištenje, morat će se provesti više istraživanja kako bi se utvrdilo što predstavlja sigurnu razinu mikrovalnog zračenja. To može potrajati, jer je teško proučiti kakve su posljedice vrlo niske razine zračenja tijekom života osobe.