U vrlo širem smislu, država Malezija nalazi se u jugoistočnoj Aziji između Indije i Kine. Kako bi se geografski odredio njezin položaj, zemlja se nalazi na 7 stupnjeva sjeverno od ekvatora. Ekvator je nevidljiva granica koja dijeli Zemlju na sjevernu i južnu hemisferu. Ekvatorijalne zemlje obično imaju vruće, vlažno vrijeme, a blizina Malezije ekvatoru daje joj tropsku klimu. Susjedna Indonezija, kako na jugu tako i na istoku, nalazi se na ekvatorijalnoj liniji.
Dva glavna dijela Malezije odvojena su vodama Južnog kineskog mora i Sulu mora. Poluotok ili zapadni dio zemlje vezan je za Tajland, dok se istočni dio nalazi na sjeverozapadnom dijelu otoka Bornea. Istočna Malezija na Borneu podijeljena je na dvije države: Sabah i Sarawak. Brunej je susjedna država na otoku Borneu.
Kambodža i Vijetnam se nalaze na sjeveru malezijskih zemalja, dok su Filipini sjeveroistočno. Singapur se nalazi u blizini poluotoka na jugu. Veličinom Malezije se kaže da je usporediva s američkom državom Novi Meksiko, kao i sa zemljama Vijetnamom i Norveškom.
Položaj Malezije komercijalno je značajan po tome što se nalazi u blizini Malačkog tjesnaca. Ovo je jedan od glavnih svjetskih brodskih tjesnaca. Malački tjesnac je međunarodna trgovačka ruta poznata po jednostavnoj plovidbi za velike trgovačke brodove. Malezijski izvoz uključuje palmino ulje, gumu, kakao i začine kao i industrijske građevinske proizvode.
Andamansko more u zapadnoj Maleziji popularno je turističko područje, jer ima pjenušavo plavo more i praškaste bijele plaže. Umjesto komercijalnih brodova obližnjeg tjesnaca Malacca, Andamanskom moru se uglavnom pristupa jahtama i jedrilicama. Johorski tjesnac još je jedno zapadno malezijsko turističko područje. Iako je Port Klang u Johoru glavna morska luka, dio plaže Lido je mjesto za turiste. Odmah iza Johorskog tjesnaca nalazi se država Singapur.
Most pod nazivom The Second Link povezuje Singapur s malezijskom državom Johor. Most je izgrađen u siječnju 1998. kako bi se smanjile gužve na granici. Strategija je uglavnom bila uspješna. Glavno vrijeme intenzivnih prometnih gužvi na granici Malezije i Singapura je tijekom praznika kao što je lunarna Nova godina.