Količina laktoze u svježem siru može znatno varirati ovisno o postupku koji se koristi za njegovu izradu. Iako u ovom siru uvijek ima malo laktoze, kada se radi s fermentiranim mliječnim proizvodima, ne sadrži puno i obično ga dobro podnose ljudi koji imaju problema s probavom laktoze. Proces fermentacije omogućuje bakterijama u siru da razgrade laktozu i pretvore je u mliječnu kiselinu. Svježi sir koji se kiseli drugim procesima može sadržavati znatnu količinu laktoze.
Kada se radi na tradicionalan način, svježi sir sadrži samo malu količinu laktoze. U tradicionalnom procesu, mlaćenica, koja je fermentirani mliječni proizvod, koristi se kao osnova za sir. Kako bi se napravila mlaćenica, u mlijeko se dodaje bakterijski starter, a zatim se mlijeko ostavlja na sobnoj temperaturi između 15 i 24 sata. Za to vrijeme, bakterije u mlijeku, poput acidofilusa ili bifidusa, hrane se laktozom i luče mliječnu kiselinu kao nusprodukt. Iako ove bakterije ne troše svu laktozu u mlaćenici, one su u stanju pojesti većinu u tom vremenu.
Nakon što mlijeko ima vremena da fermentira, može se koristiti za izradu svježeg sira. Podsireno mlijeko lagano se kuha dok se skuta ne stvrdne i odvoji od sirutke. U tom trenutku sirutka se ocijedi, a svježi sir ostavi da se ohladi. Količina laktoze u svježem siru kao što je ova obično neće biti dovoljna da smeta osobama koje ne podnose laktozu.
Velika skuta može imati znatno više laktoze nego mala skuta. To je zato što se sir brzo pravi i djelomično se zgruša pomoću renina. Mlijeko se fermentira manje od sat vremena, dajući bakterijama vrlo malo vremena da pretvore laktozu u mliječnu kiselinu. Količina laktoze u ovako napravljenom svježem siru obično je slična količini koja se nalazi u svježem mlijeku.
Moguće je kupiti mliječne proizvode, uključujući i svježi sir, koji su tretirani tako da potpuno ne sadrže laktozu. Laktaza, enzim koji se koristi za probavu laktoze, dodaje se ovim proizvodima kako bi se laktoza unaprijed probavila prije nego što je osoba pojede. Pažljivom kontrolom ovog procesa proizvođači proizvoda bez laktoze mogu osigurati da u svježem siru uopće nema laktoze.