Ako stojite ispred mikrovalne pećnice dok je uključena, mnogi kažu da vam neće biti toliko štetno ako su vrata zaključana. Ali, naravno, većina nas ne voli riskirati sa svojim zdravljem. Mikrovalne pećnice su prilično niskofrekventni oblik zračenja i to znači da bi njihov utjecaj na tijelo, ako ga ima, bio manje opasan od oblika više frekvencije. Ipak, mnogi ljudi tvrde da ovo zračenje može utjecati na nas, iako su vrata mikrovalne pećnice dizajnirana da ga drže unutra.
Mikrovalne pećnice mogle bi iscuriti iz prostora u pećnici blizu vrata. Vrlo je važno održavati mikrovalnu pećnicu čistom jer je veća vjerojatnost da će prljave pećnice procuriti nego čiste. Vrata se moraju potpuno zaključati i stvarati brtvu kada su zatvorena. Nikada nemojte koristiti mikrovalnu pećnicu s neispravnim vratima.
Američka uprava za hranu i lijekove (USFDA) ima propise za maksimalne razine zračenja koje proizvođači mikrovalnih pećnica moraju slijediti. Materijal obloge u vratima također pomaže u zadržavanju štetnih mikrovalnih pećnica. Kada su te pećnice izumljene i testirane, rani istraživači su oštetili svoje bubrege jer bi stajali ispred onih bez vrata ili s otvorenim vratima. Male količine mikrovalova još uvijek mogu procuriti kroz pukotine na otvoru vrata, pa bi mogle doći do vas ako stojite ispred pećnice dok je uključena.
Neki ljudi primjećuju da je čak i ako je količina zračenja mala, štetno stajati ispred mikrovalne pećnice dok se kuha hrana. Studije to nisu mogle uvjerljivo dokazati. Količina zračenja koju emitiraju mobiteli veća je od one koju proizvodi mikrovalna pećnica, a neki istraživači su primijetili da bi daljnja uporaba mobitela mogla dovesti do raka, dok nije pronađeno ništa uvjerljivo.
Zračenje koje emitiraju rendgenske i gama zrake naziva se ionizirano zračenje, dok je ono koje proizvode mikrovalovi kao i radio valovi neionizirano zračenje. Razlika između ioniziranog i neioniziranog zračenja je u tome što imaju različite frekvencije, odnosno količinu vibracija koju proizvode svake sekunde. Pokazalo se da viša frekvencija ili ionizirano zračenje u nekim slučajevima uzrokuje rak. Mikrovalne pećnice koriste niskofrekventni ili neionizirani oblik zračenja, ali još uvijek postoji mnogo kontroverzi oko toga je li potpuno sigurno stajati ispred jedne dok je uključena.