Možda nije sigurno koristiti pseudoefedrin u trudnoći, međutim, žene bi se trebale posavjetovati sa svojim liječnicima prije donošenja konačne odluke. Uzimanje ovog lijeka tijekom prvog tromjesečja trudnoće nije u potpunosti povezano s bilo kakvim štetnim urođenim manama. Američka agencija za hranu i lijekove (FDA) ne vjeruje da je provedeno dovoljno uvjerljivog testiranja na ljudskim pacijentima da bi se lijek ocijenio sigurnim i ne preporučuje da ga trudnice koriste.
U SAD-u je pseudoefedrin dobio ocjenu trudnoće kategorije C. Kategorija A daje se lijekovima koji su bili opsežno testirani i nisu pokazali znakove oštećenja majke ili fetusa ni u prvom tromjesečju, niti u bilo kojem sljedećem razdoblje trudnoće. Lijekovi dobivaju kategoriju B koji su testirani na trudnim životinjama i nisu pokazali nikakve dokaze štete za majku ili bebu, ali nisu testirani ni na jednoj trudnoj pacijentici. Kategorija C daje se onim lijekovima koji su štetili majci ili fetusu tijekom trudnoće u studijama na životinjama, a nisu testirani ni na jednoj trudnici kod ljudi. Kategorije D i X rezervirane su za one lijekove za koje se zna da uzrokuju fetalne abnormalnosti i mogu ugroziti zdravlje majke, kako u ispitivanju na ljudima tako i na životinjama.
Ocjena kategorije C koju je dodijelila FDA u vezi s upotrebom pseudoefedrina u trudnoći ukazuje na to da koristi lijeka za majku mogu, u nekim slučajevima, nadmašiti moguće nuspojave. Testiranje na životinjama, iako je prethodnica testiranju na ljudima, ne daje uvijek iste rezultate. Trudna štakora može roditi deformirano dijete kada mu se daje pseudoefedrin, dok trudna ljudska majka koja uzima isti lijek rađa savršeno formiranu i zdravu bebu. Međutim, rizici povezani s ovim lijekom tijekom ispitivanja na životinjama mogu učiniti malo vjerojatnim opsežna ispitivanja na ljudima.
Moguće nuspojave korištenja pseudoefedrina u trudnoći uključuju gastrošizu i atreziju tankog crijeva. Gastroshiza je stanje uzrokovano neuspjehom djetetovog trbušnog zida da se potpuno zatvori tijekom razvoja. Ovaj otvor se obično nalazi uz pupkovinu, a neka djetetova crijeva mogu progurati kroz otvor. Ovo stanje se može otkriti ultrazvukom, a može se ispraviti operacijom koja se izvodi relativno brzo nakon rođenja.
Atrezija tankog crijeva nastaje kada se dio tankog crijeva ili zatvori ili prekine tijekom fetalnog razvoja. Ovo stanje se također može otkriti ultrazvukom ili dijagnosticirati odmah po rođenju. Novorođenčad s ovim stanjem često imaju veliki, rastegnuti želudac što ukazuje na nemogućnost otpadaka da prođe kroz crijeva. Ova vrsta defekta se općenito ispravlja operacijom ubrzo nakon poroda.
Te su bolesti samo uvjetno povezane s primjenom pseudoefedrina u trudnoći i nisu u potpunosti povezane s lijekom. Drugi lijekovi i genetski čimbenici još se ne mogu zanemariti u onim slučajevima kada su ovi nedostaci otkriveni. Fetus dovršava većinu svog mišićnog, neuralnog i skeletnog razvoja tijekom prvog tromjesečja trudnoće. Neki liječnici mogu smatrati da uzimanje ovog lijeka u kasnijim fazama trudnoće, kao što je drugo ili treće tromjesečje, predstavlja manji rizik za bebu i pruža značajnu korist za majku te mogu preporučiti njegovu uporabu svojim pacijentima.