Regulatorne agencije poput Uprave za hranu i lijekove (FDA) općenito priznaju amoksicilin kao siguran za korištenje tijekom trudnoće. Svaka trudnoća je drugačija i važno je razgovarati o mogućnostima s opstetričarom prije nego što krenete dalje na tijek liječenja. Trudnice također moraju odvagnuti rizike neliječenja zdravstvenog stanja u odnosu na rizike liječenja, jer može biti opasnije ne poduzeti nego uzimati lijek za koji se zna da je općenito siguran za uporabu tijekom trudnoće.
Uprava za hranu i lijekove svrstava amoksicilin tijekom trudnoće u kategoriju B, što znači da nijedno testiranje nije pokazalo da je lijek štetan za fetuse u razvoju, iako ispitivanja nisu bila opsežna da bi se kategorički tvrdilo da je lijek potpuno siguran. Mnogi drugi antibiotici su svakako opasni tijekom trudnoće, uzrokujući probleme poput promjene boje zuba i gubitka sluha, a amoksicilin je jedan od najboljih izbora za antibiotike za uzimanje za infekcije tijekom trudnoće.
Uzimanje amoksicilina tijekom trudnoće možda nije uvijek potpuno sigurno. Žena s poviješću alergijskih reakcija na amoksicilin ili penicilinske antibiotike općenito ne bi smjela uzimati ovaj lijek tijekom trudnoće, jer bi alergijski odgovor mogao ugroziti bebu. Ovaj antibiotik također može loše reagirati s nekim lijekovima, ugrožavajući život majke ili fetusa. Osobe bez poznate osobne povijesti alergija na amoksicilin, a imaju obiteljsku povijest alergija, možda će željeti razgovarati o tome s liječnikom prije nego što se odluče na uzimanje amoksicilina tijekom trudnoće, jer je moguće da bi mogle biti pod povećanim rizikom od alergija.
Podaci o primjeni amoksicilina u trudnoći ne upućuju na očitu povezanost ovog antibiotika s opasnostima po zdravlje majke ili fetusa. S druge strane, neliječenje infekcije može rezultirati značajnim rizicima za trudnoću. Teške infekcije mogu dovesti do problema poput sistemskog šoka i mogu uzrokovati gubitak trudnoće ili urođene mane. Kada liječnik identificira infekciju i prepiše amoksicilin, to se radi s ciljem sprječavanja teških komplikacija. Pacijent treba proći cijeli tečaj antibiotika i odmah prijaviti nuspojave, u slučaju da su to znakovi alergije na amoksicilin.
Pacijentice koje su zabrinute zbog uzimanja amoksicilina tijekom trudnoće mogu razgovarati o situaciji s opstetričarom. Liječnik bi mogao preporučiti alternativne antibiotike. Općenito, međutim, opstetričar će se složiti s početnim liječnikom koji ga je propisao, preporučajući upotrebu antibiotika kako bi se ubila infekcija i spriječile buduće komplikacije.