Klindamicin je antibiotik koji se općenito smatra sigurnim tijekom trudnoće, posebno s obzirom na to da neke neliječene infekcije mogu dovesti do prijevremenog poroda. Liječnici najčešće propisuju klindamicin u trudnoći kako bi se uklonila opasnost od bakterijske vaginoze i infekcija unutar maternice ili fetalnog tkiva. Američka agencija za hranu i lijekove (FDA) smjestila je ovaj lijek u kategoriju trudnoće B, jer studije ne pokazuju štetne učinke na fetuse životinja. S druge strane, poznato je da ovaj lijek prolazi kroz placentu i, s obzirom na to da istraživanja provedena na ljudima nisu dovoljna da potvrde njegovu sigurnost, treba ga koristiti samo kada liječnik vjeruje da njegova korist nadmašuje sve rizike za ženu i fetus.
Bakterijska vaginoza je uobičajena infekcija koju obično treba liječiti tijekom trudnoće, jer može naštetiti fetusu. Glavni rizici uključuju povećanu vjerojatnost prijevremenog poroda i nisku porođajnu težinu. Iako uzimanje klindamicina može liječiti infekciju, ovo stanje je često asimptomatsko, pa se žene koje su sklone prijevremenom porodu mogu testirati na to unatoč nedostatku simptoma. To pokazuje koliko može biti opasno ako se ne liječi i zašto je klindamicin u trudnoći često neophodan kada se dijagnosticira bakterijska vaginoza.
Ovaj lijek se također ponekad koristi za liječenje infekcija u fetalnom tkivu ili maternici, jer može proći kroz placentu. S druge strane, liječnici mogu čekati dok se beba ne rodi kako bi liječili određene infekcije kod majke, sve dok su manje i ne predstavljaju opasnost za majku ili bebu. Na primjer, malo je vjerojatno da će liječnici koristiti klindamicin u trudnoći za liječenje akni, jer rizici ovog stanja obično ne nadmašuju rizike većine lijekova tijekom trudnoće. Umjesto toga, mogu pričekati dok se beba ne rodi ili odabrati antibiotik koji je ispravno proučavan na ljudima.
Iako studije na životinjama ne pokazuju povećani rizik od urođenih mana uz primjenu klindamicina u trudnoći, zbog čega je u kategoriji trudnoće B, ipak ga treba koristiti s oprezom. To je zato što studije provedene na ljudima nisu bile dovoljno kontrolirane da bi se utvrdio točan učinak na ljudske fetuse. Kako bismo bili sigurni, mnogi liječnici propisuju ovaj lijek samo tijekom drugog tromjesečja, što može smanjiti rizik od pobačaja ili urođenih mana. Osim toga, treba napomenuti da se ovaj lijek u malim količinama pojavljuje u majčinom mlijeku, pa se dojiljama savjetuje da pričekaju nekoliko sati prije dojenja ako moraju uzimati ovaj lijek.