Teško je odrediti je li bilo koji lijek 100 posto siguran za uporabu tijekom trudnoće, a kodein nije iznimka. Studije korištenja kodeina tijekom trudnoće nisu isključile rizike od utjecaja na bebe u razvoju. Općenito, liječnici ga izbjegavaju propisivati osim ako ne utvrde da su koristi od uporabe lijeka veće od mogućih rizika koje žena prihvaća kada ga uzima. Glavni od ovih rizika može biti usporavanje rasta i ovisnost fetusa o lijeku. Također postoji šansa da će fetus imati simptome ustezanja kada njegova majka prestane uzimati lijek.
Općenito, liječnici nerado propisuju lijekove općenito tijekom trudnoće. To je zbog činjenice da je teško znati hoće li čak i blagi lijek uzrokovati urođenu manu ili na drugi način negativno utjecati na fetus. Liječnici propisuju kodein tijekom trudnoće, međutim, kada utvrde da će koristi za buduću majku biti veće od rizika za fetus. Na primjer, ako žena pati od umjerene do jake boli, liječnik može propisati kodein kako bi je ublažio. U nekim slučajevima liječnici također propisuju kodein koji pomaže u suzbijanju kašlja.
Sigurnost kodeina tijekom trudnoće je neizvjesna jer nije bilo dovoljno kontroliranih studija da bi se utvrdilo predstavlja li ili ne ozbiljan rizik za bebu u razvoju. Čini se da je glavni potencijal rizika za korištenje kodeina tijekom trudnoće ovisnost. Kodein može izazvati ovisnost ne samo za buduću majku, već i za njezino dijete u razvoju. Osim toga, postoji zabrinutost da korištenje kodeina tijekom trudnoće može dovesti do usporavanja rasta fetusa. Zapravo, uporaba kodeina može čak uzrokovati da fetus pati od simptoma ustezanja kada ga buduća majka prestane uzimati.
Ako liječnik utvrdi da je potreba buduće majke za liječenjem veća od rizika od uzimanja kodeina tijekom trudnoće, može joj propisati lijek, vodeći računa o doziranju. U većini slučajeva, on će propisati najnižu dozu koja će joj ublažiti bol ili suzbiti kašalj; niža doza može pomoći u smanjenju rizika za bebu. Također joj može preporučiti da prestane s uzimanjem lijeka čim joj se simptomi povuku ili postanu podnošljiviji. Nakon što buduća majka rodi, korištenje kodeina može biti manje zabrinjavajuće. Iako se lijek može proći kroz majčino mlijeko, uporaba kodeina tijekom dojenja nije povezana s visokom razinom rizika.