Uzimanje zolpidema u trudnoći općenito se smatra sigurnim kada je potrebno za liječenje nesanice, ali se trudnice često pozivaju da prvo isprobaju druge mogućnosti. To je zato što je ovaj lijek svrstan u kategoriju trudnoće C od strane US Food and Drug Administration (FDA). To je vjerojatno zato što su studije na životinjama provedene na zolpidemu u trudnoći pokazale neke štetne nuspojave, iako ne postoje pravilno kontrolirane studije na ljudima koje mogu sa sigurnošću reći je li siguran. Općenito, liječnici su skloni propisivati ovaj lijek trudnicama samo kada je nesanica dovoljno jaka da ima negativan učinak, a u tom trenutku koristi mogu nadmašiti rizike.
Studije na životinjama koje su provedene s ovim lijekom pokazale su neke štetne učinke na fetus, iako su životinje često dobivale puno veće doze nego što bi ih inače dobile trudnice. Na primjer, neki ispitanici koji su dobili visoke doze zolpidema u trudnoći imali su fetuse koji su pokazali nepotpuno okoštavanje lubanje. Osim toga, stopa pobačaja i zastoja u rastu fetusa bila je veća s povećanjem doze zolpidema. U mnogim slučajevima, međutim, nije se pokazalo da normalne doze zolpidema u trudnoći imaju negativan učinak na fetus ili majku.
Provedene su neke manje studije na ženama koje su uzimale zolpidem u trudnoći i, iako nisu nužno bile pravilno kontrolirane, njihovi rezultati pokazuju da postoji određeni rizik kod uzimanja ovog lijeka. Na primjer, neke žene koje su uzimale lijek tijekom trećeg tromjesečja prijavile su tešku respiratornu depresiju u novorođenčeta, ali to se obično može liječiti u bolnici, tako da učinci nisu dugoročni. Dodatna briga oko zolpidema u trudnoći je mogućnost da se bebe rode ovisne o drogi. Ovisnost novorođenčeta o zolpidemu često se pri rođenju karakterizira simptomima ustezanja koji mogu uključivati znojenje, povraćanje i bol u mišićima. Konačno, neka novorođenčad izgleda mlitava i slaba pri rođenju kada su bila izložena zolpidemu u maternici.
Majke koje žele izbjeći ove moguće posljedice potiču se da pronađu alternative uzimanju zolpidema u trudnoći i trebaju uzimati ovaj lijek samo kada je njihova nesanica ekstremna i ništa drugo ne pomaže u liječenju. U većini slučajeva, nesanica bi trebala nestati nakon trudnoće; ako nije, onda se ovaj lijek može propisati bez incidenata. Dojilje bi se, međutim, trebale pridržavati istih mjera opreza kao i trudnice kada uzimaju ovaj lijek, jer se on pojavljuje u majčinom mlijeku, a učinak na dojilje nije poznat.