Kao i mnogi drugi lijekovi, antibiotici su imali dokazano blagotvoran učinak, pomažući u sprječavanju bakterijskih infekcija koje je nekada bilo teško liječiti. Međutim, raste zabrinutost da je prekomjerna upotreba antibiotskih tretmana stvorila opasne sojeve bakterija otporne na antibiotike. Drugi značajan izvor kontroverzi bila je upotreba antibiotskih lijekova u prehrambenoj industriji, za povećanje stoke i povećanje proizvodnje, što je dovelo do zabrinutosti oko štetnih učinaka na zdravlje životinja i ljudi. Kao i svi drugi lijekovi, antibiotici mogu imati negativne nuspojave, koje mogu biti posljedica alergijske reakcije, pogrešne uporabe ili slučajnog ubijanja dobrih bakterija uz loše. Kako čovječanstvo uči više o njihovim prednostima i nedostacima, društvo i medicinska zajednica uče kako prilagoditi korištenje antibiotskih tretmana kako bi osigurali da imaju najzdraviji učinak.
Otkriće antibiotskih lijekova u 20. stoljeću bio je prijelomni trenutak za društvo i medicinsku zajednicu, kao i otkriće cijepljenja. Dok su cijepljenja pobijedila smrtonosne virusne bolesti kojima su se ljudi bili prilično nemoćni oduprijeti, kao što su dječja paraliza, gripa i tendinitis, antibiotici su omogućili način da se ubiju loše bakterije koje su uzrokovale ranije iscrpljujuće i potencijalno smrtonosne infekcije, poput tuberkuloze, meningitisa i upale pluća. Stope smrtnosti od bakterijske infekcije značajno su pale, a stanovništvo je postalo zdravije. Ipak, kako su liječnici počeli propisivati rekordne količine antibiotskih lijekova za liječenje bolesti, postalo je očito da bi njihova prekomjerna upotreba mogla imati nedostataka.
Kako su antibiotici postajali sve popularniji, pacijenti su ih počeli shvaćati kao redoviti dio života, a liječnici su ih propisivali u rekordnim količinama. To je dovelo do nepredviđenog problema: određene bakterije su se počele razvijati i razvijati imunitet na liječenje antibioticima. Sposobnost bakterija da mutiraju kao odgovor na liječenje naziva se rezistencija na antibiotike. Bolesti za koje se nekoć činilo da su ih antibiotici zauvijek riješili ponovno su se pojavile. Nije riječ o tome da su antibiotski lijekovi odjednom postali neučinkoviti, već je dio njihove snage izgubljen. To nije samo rezultat prekomjerne uporabe i prekomjernog propisivanja, već i zlouporabe. Društvo je u određenoj mjeri počelo gledati na antibiotike kao na zavoj za sve, čak i za virusne bolesti koje nisu mogli liječiti. Kao rezultat toga, današnje medicinsko društvo potiče korištenje antibiotika samo kada je to apsolutno neophodno, u nadi da će tretmani ostati učinkoviti.
Zabrinutost je izazvala i uporaba antibiotskih lijekova u prehrambenoj industriji. Agrarno društvo počelo je koristiti antibiotike kod životinja iz istog razloga što ih ljudi koriste: za liječenje bakterijskih bolesti. Međutim, s vremenom je postalo očito da antibiotski lijekovi mogu uzrokovati debljanje kod životinja. Kod krava, na primjer, dodatna težina iznosila je značajnu dobit za neke rančere i farmere. Istraživanja su pokazala da je prekomjerna upotreba antibiotskih lijekova kod životinja dovela do superbakterije, odnosno bakterija otpornih na antibiotike, koje bi ljudi mogli progutati kada jedu meso. U tom slučaju, bolest povezana s hranom kod osobe možda se ne može liječiti antibioticima. Također postoji zabrinutost zbog negativnih učinaka na zdravlje životinja. Uvaženi medicinski glasovi kao što je Svjetska zdravstvena organizacija (WHO) pozvali su društvo da razmotri rizike antibiotika kod životinja i da smanji njihovu upotrebu.