Zoološki vrtovi postoje od davnina i bili su obilježje velikih dvorova Egipta i Kine. Prikaz egzotičnih životinja dugo je bio pokazivanje bogatstva i moći, te svjedočanstvo o dalekosežnim rukama carstava. Danas se zoološki vrtovi fokusiraju na očuvanje životinjskih vrsta i edukaciju javnosti. Ipak, kritičari sugeriraju da se životinje ne smiju držati u zatočeništvu, da neke organizacije sudjeluju u neetičkom radu i da je ideja zoološkog vrta štetna za očuvanje.
Neke životinje su izrazito neprikladne za život u zoološkom vrtu, koliko god plemeniti ciljevi organizacije bili. Držanje slonova u zatočeništvu dugo je izazvalo kontroverze među aktivistima za prava životinja. Slonovi u divljini neprestano lutaju, svakodnevno pokrivajući široki teritorij. U zatočeništvu, nemaju izbora nego stajati mirno tijekom dugog vremenskog razdoblja, jako opterećuje noge i stopala ovih divova, što dovodi do kroničnih ozljeda kod nekih životinja u zatočeništvu.
Ipak, slonovi su ugrožena vrsta u svom izvornom okruženju, u velikoj su lovobrani zbog slonovače, kože i mesa. Kako bi zaštitili vrstu od izumiranja, neki stručnjaci smatraju da bi programi uzgoja u zatočeništvu mogli biti najbolja strategija za budući opstanak. Mnogi slonovi u zatočeništvu spašeni su iz cirkusa, spašeni od prirodnih katastrofa ili uklonjeni iz divljine zbog ozljeda ili napuštanja. Zagovornici zoološkog vrta s pravom se pitaju, treba li te životinje ostaviti da umru ili eutanazirati, a ne staviti u zatočeništvo?
Jedan od problema u procjeni jesu li zoološki vrtovi dobri ili loši za životinje je nesigurnost u pogledu pravilnog tretmana životinja. Dok bi u savršenom svijetu svi čuvari zooloških vrtova bili etički stručnjaci s naprednim znanjem u svom području i strašću za svoj posao, istina, okrutnost prema životinjama u zoološkim vrtovima može se dogoditi slučajno ili namjerno. Etika držanja u zoološkom vrtu zeznuta je tema, zbog čega mnoga zoološka društva koriste metodu promatranja treće strane kako bi održali visoke standarde zooloških vrtova. Ipak, budući da um i potrebe mnogih životinja ostaju misterij, teško je reći jesu li zarobljena stvorenja sretna ili ne.
Istraživanja su jasno pokazala da će životinje u zatočeništvu živjeti dulje i biti aktivnije u okruženju bliskom njihovom izvornom okruženju. Velike su šanse, ako zoološki vrt nema ništa osim eksponata od cementa i metala, životinje neće tako dobro proći. Mnogi istaknuti zoološki vrtovi sada aktivno izgrađuju izložbe koje životinjama omogućuju slobodu kretanja, razna staništa i igračke te domaće lišće. Neki su zoološki vrtovi čak počeli zajedno smjestiti vrste koje inače komuniciraju u divljini, poput određenih vrsta majmuna.
Osiguravanje da životinje nisu izolirane smatra se još jednom važnom točkom kvalitete u procjeni zoološkog vrta. Malo je životinja uistinu samotnih cijeli život, a mnoge, poput pingvina, dijelom preživljavaju zahvaljujući obiteljskoj dinamici u divljini. Istraživanja su pokazala da će neke životinje žudjeti za izgubljenim članom obitelji ili parom, te mogu pasti u loše zdravlje zbog onoga što se čini da je usamljenost. Čini se da držanje životinja u skupinama koje nalikuju čoporima ili mahunama u divljini poboljšava kvalitetu života životinja u zatočeništvu; učiniti drugačije znači boriti se protiv milijardi godina instinkta.
Zoološki vrtovi nisu savršeno rješenje za očuvanje; mogu se beskrajno poboljšavati jer bolje razumijemo kako se ponašati prema životinjama. Oni su nedvojbeno korisni u ponovnom naseljenju životinjskih vrsta koje se smanjuju i poticanju pogleda na očuvanje prirode, ali su nedvojbeno primitivni u svom postupanju s nekim životinjama. Nadamo se da će aktivisti za životinje i zagovornici zooloških vrtova nastaviti raditi zajedno, pronalazeći načine za stvaranje najboljeg okruženja za životinje u zatočeništvu u naporima za uzgoj i repopulaciju, umjesto da se svađaju oko toga trebaju li zoološki vrtovi uopće postojati.