Odluka o tome kada izbrisati kolačiće trebala bi se temeljiti na sigurnosnim zabrinutostima vezanim uz internetske aktivnosti, brzini internetske veze i web-mjestama koje se često posjećuju. Budući da su kolačići preglednika namijenjeni ubrzavanju učitavanja često posjećenih web stranica, kao i praćenju korištenja stranice od strane pojedinačnih posjetitelja, oni imaju pozitivne i negativne vrijednosti. Mnogi programi za otkrivanje virusa naći će, kao primarni izvor svoje funkcije, brojne kolačiće za praćenje koji su kopirani na korisnička računala, a prikladna je postavka za automatsko brisanje kolačića ove vrste. Iako su kolačići najbezopasnije vrste datoteka koje otkriva virusni softver, oni se također instaliraju bez dopuštenja ili znanja korisnika i mogu dovesti do praznina u sigurnosnim vatrozidima. Kako biste poboljšali sigurnost vašeg računala, često brisanje kolačića najbolja je opcija.
Povremeni proces brisanja kolačića s računala obično će riješiti većinu problema. Iako su kolačići dizajnirani da ubrzaju pristup web stranici, oni prvenstveno koriste marketinškim aspektima same web stranice, a ne posjetitelju. Kolačići također zauzimaju vrlo malo prostora na tvrdom disku računala, budući da su male datoteke s tekstualnim podacima, tako da se tisuće njih mogu pohraniti na suvremeno osobno računalo bez monopoliziranja prostora na bilo koji način.
Postoji nekoliko različitih naziva za kolačiće, uključujući kolačić protokola za prijenos hiperteksta (HTTP kolačić), web kolačić ili kolačić preglednika, ali svi se pohranjuju kao tekstualne datoteke i služe sličnim funkcijama. Njihova primarna i izvorna upotreba, kada je brzina interneta bila mnogo sporija u prošlim desetljećima, bila je praćenje aktivnosti posjetitelja na web stranici u marketinške i optimizacijske svrhe kada se posjetitelj kasnije vratio. To bi omogućilo brže učitavanje web stranica, oglašavanje usmjereno prema specifičnim interesima posjetitelja, te vođenje evidencije podataka o košarici koja nije bila dovršena unaprijed.
Praćenje prometa na web-mjestu također omogućuje određenu personalizaciju ako je korisnik ispunio obrazac na web-mjestu, gdje bi mu se tada moglo pozvati ime, grafika bi se mogla učitati na temelju individualnih interesa i još mnogo toga. Glavni nedostatak takvih marketinških praksi je to što kolačići ni na koji način nisu sigurne datoteke. Ako sadrže osjetljive informacije pohranjene na web stranici ili koje je pružio posjetitelj, lako ih može pročitati svatko tko zna gdje se nalaze ili bilo tko tko ih može snimiti dok se prenose putem interneta.
Kolačići su zapravo datoteke dnevnika u stvarnom vremenu o vremenu, datumu i specifičnoj aktivnosti korisnika na računalu dok korisnik stupa u interakciju s web stranicama. Ako se pristup internetu ostvaruje u javnom ili radnom okruženju, najbolje je izbrisati kolačiće nakon završetka internetske sesije radi očuvanja privatnosti. Ako korisnik nikada prije nije posjetio web stranicu, kolačić će se prema zadanim postavkama kreirati s prvim posjetom.
Iako se preglednici mogu postaviti tako da blokiraju preuzimanje kolačića, mnoge stranice tvrde da neće raditi niti se pravilno učitavati ako je ova značajka onemogućena. Sami po sebi, kolačići su prilično bezopasni, ali mogu otvoriti sigurnosnu rupu za hakere za dobivanje podataka o računu, a mogu biti i sofisticirani zapis za pohranu internetskih aktivnosti. Najbolja praksa u održavanju sigurnosti i privatnosti je brisanje kolačića u svakoj prilici.