Odnos između antibiotika i imunološkog sustava složen je onaj koji je važno razumjeti. U mnogim slučajevima antibiotici su neophodni za liječenje raznih bakterijskih bolesti i infekcija koje, ako se ne liječe, mogu biti smrtonosne. Međutim, stalna uporaba nepotrebnih antibiotika, ili čak njihova česta uporaba za legitimna stanja, zapravo može oslabiti imunološki sustav. Kao rezultat toga, veza između antibiotika i imunološkog sustava često je dvosjekli mač; ljudima su možda potrebni za preživljavanje, ali postoji i potencijal da na kraju oslabe imunološki sustav i dugoročno prouzrokuju veće probleme.
Imunološki sustav ostaje u osjetljivoj ravnoteži u tijelu; jedan aspekt ovoga je stvaranje zdravih bakterija koje pomažu probavi. Kada se koriste antibiotici, oni ubijaju sve bakterije u ciljanom području tijela, a ne samo štetne bakterije. To može dovesti do nečega što se zove bakterijska neravnoteža i može uzrokovati prekomjerni rast kandide, što se tada naziva gljivična infekcija. To može utjecati na usta, genitalije ili druga područja na tijelu. Ovo je samo jedan od načina na koji antibiotici i imunološki sustav utječu, ali jedan je od najčešćih.
Drugi način na koji su antibiotici i imunološki sustav povezani je kada bakterije počnu postajati otporne na antibiotike. Ako osoba uzima antibiotike, a sve bakterije nisu dovoljno ubijene, ili je jedna bakterija sposobna odoljeti lijekovima, ta se bakterija tada može razmnožavati i širiti, zahtijevajući agresivnije liječenje antibioticima. Lako je, dakle, slijediti put i vidjeti kako određene bolesti ili infekcije mogu postati otporne na antibiotike i brzo se proširiti populacijom. Ovo je jedan od najvećih strahova od prekomjerne upotrebe antibiotika danas; isto tako, to je razlog da nakon propisivanja, pacijent uvijek treba završiti cijeli tijek lijeka, čak i ako simptomi nestanu ranije.
Čak i samo na individualnoj osnovi, osoba koja ima česte infekcije koje zahtijevaju antibiotike morat će uzimati jače, duže tečajeve kako bi ubila bolest, koja postupno može oslabiti imunološki sustav. Veza između antibiotika i imunološkog sustava također je zabrinjavajuća jer se uvode u opskrbu hranom, jer se često daju domaćim životinjama u pogonima tvornice; ljudi tada konzumiraju male doze antibiotika na dnevnoj bazi, a možda i ne shvaćaju. Iako su antibiotici zasigurno izvrstan napredak u medicinskoj tehnologiji i spasili su živote mnogih ljudi, važno je razumjeti prednosti i nedostatke ovog liječenja i koristiti ih samo kada su stvarno potrebni.