Probavni sustav i homeostaza ljudskog tijela neraskidivo su povezani jer su ljudi heterotrofi, što znači da tijelo mora imati mehanizam pomoću kojeg će asimilirati vanjski izvor hrane. Kako bi probavni sustav i regulacija homeostaze bili uspješni, esencijalne hranjive tvari u hrani treba rafinirati i manipulirati, a “istrošenost” strukture probavnog sustava treba popraviti i nadopuniti kada je to potrebno. Osim toga, svaki tjelesni sustav ovisi o razgradnji i asimilaciji hranjivih tvari za popravak, izgradnju i održavanje tkiva. Obilje kemijskih, mehaničkih i enzimskih procesa odgovorno je za homeostazu probavnog sustava.
Probavu provodi tijelo dok se hrana kreće kroz tijelo u sustavu organa nalik na transporter koji razgrađuje hranu u prihvatljivo gorivo za stanice tijela. Proces počinje u ustima kada se enzimi prvi put uvode putem sline. Jedna od najpovoljnijih veza između probavnog sustava i homeostaze je održavanje potencijala ravnoteže vodika (pH) u probavnom traktu. Homeostaza u probavnom traktu postiže se sposobnošću tijela da dramatično promijeni pH iz sline, koja je tek blago kisela, do visoko kisele želučane sredine koja brzo razgrađuje hranu i štiti tijelo od bakterija i drugih patogena. Još dramatičnija je promjena pH vrijednosti u značajno bazično okruženje u tankom crijevu, što je potrebno za pravilno funkcioniranje enzima specifičnih za crijeva.
Druga relevantna veza između probavnog sustava i homeostaze unutar tijela je održavanje gostoljubive atmosfere za korisne bakterije. Regulacija pH u kombinaciji s drugim čimbenicima, poput održavanja uravnoteženog omjera enzima, omogućuje korisnoj crijevnoj flori poput acidofila i bifidobakterija da pomogne tijelu u borbi protiv manje poželjnih kolonija bakterija koje bi mogle uzrokovati potencijalno po život opasne infekcije i bolesti. Korisne bakterije imaju sposobnost razgraditi neke karcinogene i metabolite lijekova za koje se pokazalo da uzrokuju rak, bolest koja se širi ozbiljnom degradacijom cjelokupnog homeostatskog statusa u tijelu. Korisne bakterije također proizvode vitamin K i druge različite biološke tvari koje tijelo nije u stanju proizvesti samo.
Većina zdravstvenih djelatnika smatra da je pravilna ravnoteža enzima, bakterija i pH-a glavna veza između probavnog sustava i homeostaze. Pacijenti koji biraju način života koji promiču ova stanja vjerojatnije će održati zdravu tjelesnu težinu i biti dobro hranjeni. Manje je vjerojatno da će patiti i od ozbiljnih bolesti, poput raka i dijabetesa.