Možda je najbolji način za dezinfekciju toplica isprazniti ga nakon svake upotrebe, ali to obično nije moguće, niti je ekološki prihvatljivo. Bakterije iz kupača mogu se razviti u kadi, pa će biti potrebno koristiti sredstvo za dezinfekciju toplica kako bi se ubile potencijalno štetne bakterije i održala ispravno funkcioniranje opreme toplica. Klor je možda najčešće korišteno sredstvo za dezinfekciju u toplicama, a iako je učinkovit u ubijanju bakterija, može biti oštar za kožu i oči. Dostupne su i druge opcije kao što je brom, a brom nije tako zajedljiv na koži kao klor.
Klor kao sredstvo za dezinfekciju toplica prilično je jeftin i lako ga je brzo i učinkovito dodati u toplice. Ubit će većinu bakterija u kadi, a može čak i pomoći u čišćenju zamućene vode u određenoj mjeri. No, svatko tko se kupao u hidromasažnoj kadi ili bazenu prepoznat će karakterističan miris klora. Miris ovog spa sanitizera može biti neodoljiv i neugodan, a klor će vjerojatno isušiti kožu kupača, što će dovesti do svrbeža, pa čak i crvenila. Klor također može uzrokovati peckanje u očima, pa mnogi kupači pokušavaju izbjeći klor kad god je to moguće.
Brom je dobra alternativa kloru kao sredstvo za dezinfekciju u toplicama. Također je prilično jeftin i lako se dodaje u toplinsku vodu, a za razliku od klora, brom će ostati aktivan u vodi mnogo dulje vrijeme. Iako brom može imati miris, on obično nije tako jak kao onaj klora. Možda je najveći nedostatak broma njegova sklonost snižavanju pH razine vode. To znači da će vlasnik toplice ili osoba koja održava jedinicu morati provesti više vremena na praćenju vode u toplicama i prilagođavanju pH razine kako bi bila sigurna i udobna.
Mineralni pročišćivači su relativno nova sredstva za dezinfekciju u toplicama i manje su nagrizajuća na koži, a da ne spominjemo iznimno dugotrajna. Ove vrste sredstava za dezinfekciju obično dolaze u obliku štapića i ubacuju se u filtere toplica. Jedan od najvećih nedostataka ove vrste spa sanitizera je cijena: mineralni pročišćivači vjerojatno će biti daleko skuplji od klora i broma. Iako mogu biti učinkoviti u ubijanju bakterija, vjerojatnije je da će se nadvladati od klora i broma, što znači da voda možda nije tako pouzdano čista.