Meso školjki može se kuhati na razne načine. Svježe školjke mogu se kuhati u ljusci ili izvan ljuske. Konzervirane školjke, bilo u cijelim komadima, kriškama ili mljevenim, već su prethodno kuhane. Očišćene i zapakirane školjke spremne su za trenutnu upotrebu.
Postoji nekoliko metoda kojima se mogu pripremiti svježe školjke, ovisno o tome jesu li školjke kuhane u ljusci ili su školjke oljuštene i meso izvađeno iz ljuske. Svježe školjke preostale u ljusci mogu se kuhati na pari, a zatim otvoriti kako bi se školjka uklonila. Očišćeno meso školjki može se pripremiti u woku za brzo prženje morskih plodova, pohano i prženo u dubokom prženju ili prženo u tavi, zapečeno u tepsiji, pirjano na ulju i maslacu ili na laganom roštilju.
Prethodno obrađene školjke mogu se ostaviti cijele, narezane na kockice, kuhati na isti način kao i svježe školjke i koristiti u istim receptima. Školjke u konzervi ili u staklenkama prethodno su kuhane i jestive iz pakiranja. Mnoge vrste svježih školjki također se mogu jesti sirove.
Prednosti kuhanja školjki kupljenih na tržnici s morskim plodovima ili na odjelu morskih plodova trgovine su vrhunski okus i svježina mesa školjki. Školjke iz trgovine ili tržnice već su očišćene s uklonjenom ljuskom i spremne za kuhanje. Ako kupujete svježe školjke u ljusci, prije kupnje zatražite da ih djelatnik trgovine ili tržnice oljušti.
Kuhanje s mesom školjki iz konzerve ili u tegli ima svoje prednosti. Pakirane školjke pružaju dodatnu pogodnost jer se svježe školjke ne moraju ljuštiti i čistiti. Prethodno zapakirane školjke lako su dostupne u supermarketima i specijaliziranim trgovinama, tijekom cijele godine. Prerađene školjke također imaju mnogo duži rok trajanja od svježih školjki.
Svježe ili prerađeno meso školjki glavni je sastojak mnogih specijalitetnih jela kao što su juha od školjki iz Nove Engleske, linguini s umakom od školjki te crveni i bijeli umaci. Meso školjki se također koristi kao preljev za pizzu prije pečenja. Konzervirane školjke mogu se narezati na kockice i pomiješati s raznim sastojcima kako bi se napravio kremasti umak od školjki. Poput sirovih ili dimljenih kamenica, školjke se poslužuju na poluljuske ili na krekeru kao kanape.
Postoje brojne vrste školjki koje se nalaze diljem svijeta. Školjke se smatraju tvrdom ili mekom ljuskom ovisno o staništu i vodama u kojima se nalaze. Mogu se naći u slatkovodnim jezerima, rijekama, pješčanim i muljevitim ravnicama, dok se morske školjke nalaze u hladnim i dubljim hladnim vodama oceana.