Iako je cista jajnika tijekom trudnoće prilično česta, obično se ne može liječiti uobičajenim metodama jer se lijekovi i biljni lijekovi često smatraju opasnima za fetus. Srećom, postoje prirodniji načini za liječenje boli i pomoć cisti da se očisti. Pijenje puno filtrirane vode može pomoći tijelu da se nosi s cistom jajnika, dok vrući oblog može pomoći u ublažavanju bolova koji su često povezani s ovim problemom. Operacija je obično rezervirana za cistu jajnika tijekom trudnoće koja ne prolazi sama od sebe, a obično se razmatra tek u drugom tromjesečju. Većina liječnika radije prati cistu prije poduzimanja bilo kakve radnje.
Pijenje puno vode obično se preporuča tijekom svake trudnoće, ali posebno kada je zahvaćena cista. To može pomoći u čišćenju tijela i smanjenju pritiska na oba jajnika, ponekad dopuštajući da cista nestane sama od sebe. Ipak, preporuča se izbjegavati vodu iz slavine i vodu u bocama, jer one ponekad mogu uključivati male količine hormonskih lijekova koji mogu pogoršati cistu. Stoga se filtrirana voda može smatrati prirodnim načinom za pomoć u liječenju ciste jajnika tijekom trudnoće.
Za rješavanje nelagode koju ciste često donose, može se koristiti vrući oblog, obično u obliku grijaćeg jastučića ili boce s toplom vodom. Treba ga postaviti na zdjelicu, što je često područje koje je najnježnije kada je prisutna cista jajnika. Vrući oblog se može zamotati u ručnik kako bi se izbjegle opekline, a zatim staviti na trbuh kako bi se smanjio pritisak na jajnike. Ovaj postupak možda neće zauvijek ukloniti bol, ali može pomoći u ublažavanju nelagode barem neko vrijeme dok čekate da cista nestane.
Neke ciste na jajnicima ne nestaju same, a mogu čak i narasti tijekom trudnoće. Većina liječnika voli pomno pratiti cistu ultrazvukom kako bi bili sigurni da je benigna i da ne raste, te će vjerojatno preporučiti samo čekanje da nestane sama od sebe. S druge strane, neke ciste ili rastu ili su već velike za početak, pa ih je potrebno kirurški ukloniti. Zapravo, mnogi liječnici odlučuju ukloniti ciste koje imaju više od 2 inča (5.1 cm) u promjeru jer mogu puknuti ili uzrokovati veliku bol ženi. Ako je operacija potrebna za uklanjanje ciste jajnika tijekom trudnoće, liječnici obično čekaju do drugog tromjesečja trudnoće kako bi se smanjili rizici i za ženu i za fetus.