Iako stavljanje datoteke u smeće, a zatim brisanje, može biti dobar način da se riješite datoteke, istina je da je datoteka još uvijek tamo. Pomisao da je datoteka potpuno nestala uobičajena je zabluda, ali pametniji korisnici računala postaju svjesni da brisanje datoteke zapravo ne čini ništa od toga. Jednostavno skriva datoteku s računala. Za one koji smatraju da je to uznemirujuće, postoji nekoliko načina za temeljitije brisanje izbrisanih datoteka.
Jedan od najjednostavnijih načina za brisanje izbrisanih datoteka je formatiranje tvrdog diska. Obično će to potpuno izbrisati sustav, pa čak ni programi koji se obično koriste za oporavak izbrisanih datoteka neće ih moći pronaći. Ovo je jedan od najdrastičnijih načina da se riješite datoteka, ali obično radi.
Drugi način za brisanje datoteka koje su izbrisane je korištenje programa za brisanje podataka. Postoje dvije vrste brisanja podataka. Neki se koriste za pojedinačne datoteke. Drugi se koriste za cijeli tvrdi disk. Odabrana opcija općenito ovisi o korisniku, ali neće svi softverski proizvodi učiniti oboje. Korisnici bi prije kupnje trebali razumjeti u čemu je razlika u softverskim proizvodima. Inače, postoji velika vjerojatnost da bi potrošač mogao biti razočaran proizvodom.
Softver koji potpuno briše podatke vrlo je sličan formatiranju tvrdog diska. Ovo će u potpunosti izbrisati izbrisane datoteke, zajedno sa svim ostalim datotekama na računalu. Oni koji koriste ovu opciju trebali bi biti vrlo svjesni toga i provjeriti postoje li sigurnosne kopije svih važnih datoteka. Ovo je jedini način da se u potpunosti oporavi sve što se želi nakon što softver završi posao.
Druge vrste softvera koji se koriste za brisanje izbrisanih datoteka mogu se koristiti samo za pojedinačne datoteke. To je vjerojatno situacija koju će većina korisnika računala preferirati. To će zadržati sve ostale datoteke na računalu i spasiti korisnika od dugotrajnog procesa ponovnog instaliranja svih njegovih željenih softverskih proizvoda na računalo. Ova vrsta softvera se ponekad naziva i shredderom podataka i u osnovi prepisuje preko datoteke nekoliko puta nasumičnim podacima. Što je više puta datoteka prepisana, teže je dohvatiti izvorne informacije.
Za one koji su posebno zabrinuti za osjetljive informacije, treba napomenuti da doista ne postoji način da se jamči bilo koja metoda koja se koristi za brisanje izbrisanih datoteka. Uvijek postoji šansa da neki podaci ostanu na tvrdom disku u obliku koji se može vratiti, pogotovo jer se tehnologija uvijek mijenja na obje strane jednadžbe. Osim fizičkog uništavanja tvrdog diska i instaliranja novog hardvera, nešto bi se još moglo oporaviti ako se uloži dovoljno truda i vremena u zadatak. Međutim, u većini slučajeva, programi za uništavanje podataka obavit će adekvatan posao uklanjanja neželjenih datoteka, osim ako osoba koja to traži nije iznimno dobro obučena.