Odabir najbolje usluge mikroskopa ovisi o specifičnim potrebama klijenta. Usluge mikroskopije mogu se specijalizirati za različita područja, uključujući biološka istraživanja, ocjenu potrošačkih proizvoda i forenzičku analizu. Industrije mogu imati pri ruci opremu za mikroskopiju, ali zahtijevaju obuku u korištenju opreme ili pripreme uzoraka. Laboratoriji i nezavisna poduzeća nude tečajeve za obuku i materijal za upute kako bi zadovoljili te potrebe, dok druge usluge mikroskopa prodaju opremu, pribor i usluge popravka mikroskopa.
Koristeći elektronske mikroskope visoke razlučivosti, usluga biološkog mikroskopa može locirati bakterije, viruse ili druge mikrobe koji nisu vidljivi golim okom. Usluge koje ti laboratoriji pružaju često uključuju otkrivanje sumnjivih organizama u uzorku ili identifikaciju novih sojeva mikroba. Usluge općenito uključuju mikrografije ili fotografije mikroskopskih organizama i pisana izvješća koja mogu uključivati zapise promatranja. Ove usluge obično traju dva do četiri tjedna, a naknade se razlikuju ovisno o broju uzoraka i vrsti potrebnog pregleda.
Usluga industrijskog mikroskopa može poslužiti tvrtkama koje proizvode proizvode za kućanstvo ili osobnu njegu. Koristeći optičke mikroskope, ovi laboratoriji obično mikroskopski analiziraju uzorke proizvoda radi dokaza učinkovitosti. Tehničari mogu promatrati uzorke kose za rezultate prije i poslije ili procjenjivati uzorke kože za reakcije koje proizvode različiti proizvodi. Usluge optičkog mikroskopa također mogu uključivati identifikaciju vlakana, vlaknastih ili poroznih materijala i polimera koji se koriste kao sastojci u industrijskim proizvodima.
Neki servisni laboratoriji mikroskopa nude digitalnu i svjetlosnu mikroskopiju ili elektronsku mikroskopiju za analizu i identifikaciju materijala za različite probleme, od automobilske industrije do inženjeringa kvalitete vode. Također se pružaju mikroskopske usluge za kriminalističku forenziku. Laboratoriji mogu identificirati kemijske ostatke zaostale nakon požara ili eksplozije, a tehničari mogu izvesti kemijsku analizu i analizu unakrsnih dlaka i vlakana s mjesta nasilnog zločina. Forenzičari također mogu identificirati uzorke tla i uskladiti materijale s određenim geološkim lokacijama.
Određeni laboratoriji nude osobne i online tečajeve za korištenje elektronske mikroskopske opreme i metode potrebne za fiksiranje i pripremu uzoraka. Teme obuhvaćene ovim tečajevima uključuju tehnike potrebne za dehidraciju i kriofiksaciju uzoraka. Upute također mogu uključivati tehniku pripreme uzoraka za pregled tankih rezova ili poprečnih presjeka, tako da se uzorci prvi ulože u smolu.
Kada tvrtke razmišljaju o kupnji opreme za mikroskop, neke usluge mikroskopa nude informacije i prijedloge o vrsti mikroskopske opreme koja bi mogla odgovarati potrebama tvrtke. Te tvrtke obično prodaju pribor koji uključuje izvore svjetla i digitalni softver koji proširuje metode gledanja. Prodavci mikroskopa često pružaju upute za postavljanje i korištenje određenih vrsta opreme.