Osnovica troškova za investicijske fondove predstavlja premiju koju je ulagatelj platio za kupnju dionica određenog fonda. Ulagači mogu izračunati troškovnu osnovu otkupa pri prodaji zajedničkog fonda korištenjem računovodstvene metode koja se naziva metoda prvi ušao prvi (FIFO). Alternativno, investitori mogu koristiti metodu specifične identifikacije ili metodu prosječnog troška, iako se pravila o izračunu troškovne osnovice za potrebe poreznog izvješćivanja razlikuju od zemlje do zemlje.
Mnoga društva investicijskih fondova zahtijevaju od investitora da plaćaju provizije poznate kao opterećenja kad god se kupe ili prodaju dionice. Naknade plaćene u trenutku kupnje nazivaju se ulaznim opterećenjima i u većini zemalja investitori mogu dodati ta opterećenja osnovi troškova za uzajamne fondove. Kada ulagač proda dionicu, ulagač oduzima trošak udjela i teret od otkupne vrijednosti i iskazuje razliku kao oporezivu dobit od transakcije. Cijene udjela u zajedničkim fondovima utvrđuju se nakon zatvaranja burze za taj dan, a cijena dionice ovisi o završnim vrijednostima vrijednosnih papira koji se drže unutar fonda. Posljedično, ako ulagač kupi određeni broj udjela u određenom fondu u jednom danu, tada će sve te dionice imati istu cijenu i isti trošak.
Kada ulagač kupi određeni broj udjela u određenom fondu u različitim vremenskim razdobljima, tada svaka od tih dionica ima različitu cijenu. Ako ulagač tada prodaje te dionice u redovitim intervalima, ulagač obično mora izračunati troškovnu osnovu dionica korištenjem FIFO metode. Prema FIFO-u, pretpostavlja se da su prve dionice koje investitor kupi prve dionice koje investitor proda.
Specifična metoda identifikacije omogućuje investitorima da navedu dionice koje se otkupljuju u određenom trenutku. To znači da investitor može odlučiti prodati dionice koje je kupio po najvišoj cijeni kako bi minimizirao kapitalnu dobit i poreze koji proizlaze iz otkupa udjela. Metoda prosječnog troška uključuje zbrajanje ukupnog troška kupnje dionica i naknade za opterećenje te dijeljenje tog ukupnog broja dionica koje investitor drži. Svaka dionica tada ima istu troškovnu osnovu, iako kapitalni dobici od otkupa dionica mogu varirati ako ulagač prodaje dionice u različitim vremenskim trenucima.
Neki investicijski fondovi prodaju takozvane fondove bez opterećenja, a investitori ne moraju platiti puno da bi kupili te dionice. U mnogim slučajevima, međutim, dioničari s udjelima bez opterećenja moraju platiti transakcijske naknade za kupnju dionica, ali to su naknade za obradu za razliku od provizija od prodaje i ne smatraju se dijelom troškovne osnove za uzajamne fondove. Stoga se transakcijske naknade ne dodaju kupovnoj cijeni pri izračunu troškovne osnovice za investicijske fondove osim ako ulagatelj te naknade ne može otpisati kao porezne odbitke.