Sprječavanje bolesti krastavca obično znači razumijevanje što se točno događa s biljkom i u vrtu. Postoje tri široke kategorije u koje spadaju gotovo sve bolesti krastavca, a svaka ima drugačiji pristup liječenju i prevenciji. Štetnici i kukci česta su bolest krastavaca koja se može spriječiti fizičkim barijerama, insekticidima, pratećim nasadima i korisnim kukcima. Bakterijske infekcije nastaju kada organizmi uđu u biljku putem oštećenja lišća, vinove loze ili plodova i mogu se spriječiti pažljivim tretmanom loza krastavaca i držanjem štetnika od njih. Gljivične infekcije događaju se kada se spore iz zraka ukorijene na površini biljke i mogu se spriječiti vodeći računa o navikama zalijevanja, štetnicima i, na kraju, fungicidima.
Bez obzira na to koja bolest krastavca može prevladati u tom području, jedan od najboljih načina zaštite biljke je korištenje sorte koja je uzgojena za otpornost. Sjeme i presadnice obično su označene kao otporne na bolesti, a ta otpornost može ići daleko. Određene bolesti, kao što su ružičasti korijen, smeđa pjegavost i mozaik krastavca, doista nemaju drugi oblik prevencije ili liječenja osim urođene otpornosti unutar biljke. Međutim, to može biti teško za vrtlare koji pokušavaju uzgajati sorte naslijeđa.
Još jedan opći način za sprječavanje bolesti krastavca iz godine u godinu je uklanjanje svih biljnih tvari na kraju vegetacije. To znači ukloniti sve lišće i loze i što je više moguće korijena. Tlo treba obraditi do dubine od najmanje 6 inča (oko 15 centimetara). Osim toga, usjeve treba svake godine izmjenjivati na različitim mjestima kako bolesti i štetnici koji se prenose iz tla, poput nekih kornjaša i nematoda, ne bi imali priliku ponovno zaraziti istu sortu biljaka sljedeće godine.
Specifičan način prevencije gljivične bolesti krastavca je biti svjestan količine i mjesta vode. Prilikom zalijevanja najbolje je izbjegavati previše vlažno lišće i koristiti ciljane metode zalijevanja kao što su češeri za zalijevanje, crijeva za natapanje ili tanke cijevi za navodnjavanje. Izbjegavanje previše rukovanja biljkom također može pomoći, jer mnoge gljivične bolesti ulaze u biljke kroz pukotinu na površini biljke.
Bakterijska bolest krastavca može ući kroz korijenje ili se prenositi kukcima. Mogu se prenositi zrakom ili zemljom, a neki su sposobni preživjeti zimu u određenim regijama, što ih čini stalnom prijetnjom. Mogu se koristiti fizičke barijere, kao što su različite vrste vrtnih krpa ili sprejevi koji oblažu lišće. Jedna od najboljih metoda za sprječavanje bakterijske bolesti krastavca je da se što prije uklone svi znakovi infekcije iz vrta, bilo da se nalaze na samim krastavcima ili na obližnjim biljkama.
Kukci, uključujući i krastavce, ne mogu samo u početku dati izgled bolesti krastavca, već su i prijenosnici mnogih bolesti. Tri najveća štetnika za biljku krastavca su pjegava i prugasta krastavčeva zlatica, lisne uši i puževi. Puževi su štetni za biljku, ali se mogu lako spriječiti tako da se biljka okruži posebnom mješavinom minerala koja može isušiti puževe; također rade pijesak i posebne zamke koje se pune pivom. Lisne uši su teži, dugotrajniji problem koji se ponekad može liječiti insekticidima ili nježnom otopinom sapuna i vode.
Krastavci mogu brzo uništiti biljke i razmnožiti se. Najbolja metoda za njihovo sprječavanje je fizička barijera kao što je fina mreža ili prateće sadnje. Biljke poput nasturcija, brokule i nevena odbijaju ili odvraćaju bube od biljke krastavca. Jednom na biljci, najbolje ih je ukloniti ručno ili, u najgorem slučaju, insekticidom, iako su biljke krastavca vrlo osjetljive na mnoge kemikalije u insekticidima.