Doktorat mikrobiologije preuzima obvezu zarađivati, a studenti će morati odlučiti što bi u konačnici željeli raditi s ovim doktoratom. Neki mikrobiološki programi imaju specifičan fokus, poput istraživanja raka, ili nude dvostruke diplome iz stvari kao što su mikrobiologija i imunologija. Kandidati će morati istražiti nekoliko programa kako bi pronašli one koji su usko usklađeni s njihovim interesom ili će morati potražiti dobre opće škole koje toleriraju fleksibilnost i istraživanje u mnogim područjima. Ovo nije jedini uvjet, a učenici moraju ispuniti mnoge druge školske uvjete prije nego što budu primljeni u školu.
Odjeli koji nude doktorat iz mikrobiologije točno određuju što zahtijevaju od kandidata za studente. Mnogi programi prihvaćaju studente samo s preddiplomskom diplomom. Ova diploma obično mora imati sličan fokus, a smjerovi iz biologije, biokemije, mikrobiologije ili predmedicine mogu biti najčešće prihvaćeni stupnjevi. Neki fakulteti rijetko primaju one koji posjeduju samo diplomu, a umjesto toga traže studente s magisterijem iz mikrobiologije ili iz područja poput genetike, imunologije ili javnog zdravstva. Nekoliko najprestižnijih škola neće prihvatiti kandidate osim ako imaju diplomski studij i nekoliko godina radnog iskustva.
Postoje dodatni zahtjevi za prijavu. Mnoga sveučilišta zahtijevaju od studenata polaganje općeg i predmetnog ispita za diplomski studij (GRE). Snažne ocjene, posebno u znanostima, mogu se visoko cijeniti. Studentima su također potrebna akademska ili stručna pisma preporuke koja potvrđuju njihovu sposobnost za doktorski rad. Učenici rođeni u inozemstvu također će morati polagati testove kako bi dokazali tečnost jezika.
Studenti koji su dobro istražili i pronašli škole koje najviše odgovaraju zahtjevima vjerojatno će se naći na putu da steknu doktorat iz mikrobiologije. Kao i kod svakog doktorskog programa, studenti pohađaju nastavu i također provode dosta vremena radeći u laboratorijima. Mnoge škole žele da njihovi studenti poučavaju ili rade kao asistenti godinu dana ili više, a to je zapravo od koristi mnogim studentima jer im se često isplaćuje stipendija, što može pomoći u smanjenju troškova fakulteta.
U drugoj ili trećoj godini škole većina fakulteta koji nudi doktorat iz mikrobiologije traži od studenata da polažu sveobuhvatni ispit. To je kako bi određeni studenti posjedovali odgovarajuće znanje za nastavak rada na tom području. Neke škole će učenicima dopustiti ponovno polaganje ispita ako ga ne polože. Nakon uspješno položenog ispita, studenti napreduju do doktorske kandidature i započinju rad na svojoj disertaciji, što je dugotrajan projekt koji uključuje originalno istraživanje koje se prezentira fakultetu. Fakultet mora odobriti ovu disertaciju prije dodjele doktorata.
Ukupno, većina studenata provede oko četiri do pet godina na doktoratu mikrobiologije. Vrijeme se može produžiti ako je disertacija iznimno složena ili je prvotno ne prihvati fakultetsko povjerenstvo. Stjecanje ove diplome je vrijedno vremena za mnoge ljude, koji bi potom mogli nastaviti karijeru u privatnom istraživanju, sveučilišnoj nastavi ili u mnogim drugim područjima.