Dobro gnojivo za bonsai ne mora biti posebno gnojivo za stabla i može koristiti istu biljnu hranu kao i druge biljke. Najbolje gnojivo za bonsai stabla, međutim, treba biti uravnoteženo između tri glavna hranjiva. Nadalje, ne biste trebali koristiti prebogato bonsai gnojivo. Folijarna gnojiva, koja su tekuća vrtna gnojiva raspršena po lišću, i topljiva gnojiva u tlu najbolja su za korištenje u sezoni rasta. Za zimzelene biljke, pelete sa sporim otpuštanjem najbolje je koristiti zimi.
Sva stabla i biljke, uključujući bonsai stabla, zahtijevaju iste hranjive tvari: dušik, fosfate i potašu. Dušik potiče jake stabljike i zdravo lišće. Fosfati hrane i jačaju korijenje. Potash potiče otpornost na gljivične bolesti i daje biljci otpornost na oštre klimatske uvjete. Sve oznake na biljnoj hrani ili gnojivima odnose se na ove tri hranjive tvari ovim redoslijedom: dušik (N), zatim kalij (P), zatim kalij (K).
Drveće bonsaija treba ista tri hranjiva, kao i sitne elemente u tragovima kao što su molibden, magnezij, cink i bor. Većina gnojiva ima ove elemente u tragovima kao i tri glavna elementa. Tri glavna elementa moraju biti uravnotežena u bonsai gnojivu za opću upotrebu. Međutim, u jesen treba koristiti gnojivo bez dušika za širokolisne vrste kako bi se eventualni izbojci stvrdnuli prije zime. Zimzelenom drveću je, s druge strane, potrebno gnojivo niske jačine, sporo otpuštajuće gnojivo za zimu jer ostaje malo aktivno tijekom hladnih mjeseci.
Naljepnice gnojiva sadržavat će slova “NPK”, koja se odnose na tri glavne hranjive tvari, nakon čega slijede tri broja koji predstavljaju težinski postotak svake od tri hranjiva. Najbolje bonsai gnojivo imat će NPK ocjenu “7:8:8”. Ovo je balans svih hranjivih tvari, i neće biti prejak niti prebogat. Više NPK ocjene, kao što je “20:15:15” su prebogate i uzrokovat će izgorjevanje korijena bonsai drveta. Nemojte koristiti gnojiva za sobne biljke, jer su gotovo sva prebogata.
Bonsai stablo zahtijeva gnojidbu u pola jačine koja je navedena na naljepnici gnojiva ili biljne hrane. S druge strane, gnojidba bi se trebala odvijati dva puta češće nego što je naljepnica navela. Nemojte previše hraniti bonsai. Nemojte gnojiti bonsai drvo tijekom zimskih mjeseci. Slijedeći ova jednostavna pravila za korištenje bonsai gnojiva će proizvesti dobro hranjeno bonsai stablo.