Staklenik mora moći prenijeti svjetlost, zadržati toplinu i izdržati teške vremenske uvjete. Vrsta ploča koje se koriste za izgradnju staklenika je ključna, a također se mora uzeti u obzir instalacija, održavanje i proračun kako bi se odabrali najbolji staklenički paneli. Stakleničke ploče izrađene su od stakla, stakloplastike ili polikarbonata. Svaki od njih ima prednosti i nedostatke. Uzimajući u obzir proračun i održavanje, kao i apsorpciju svjetlosti i topline, polikarbonatne stakleničke ploče najbolje rade na osvjetljavanju i grijanju staklenika, a pritom ostaju izdržljive i jednostavne za održavanje.
Staklo je popularan materijal za stakleničke ploče jer najbolje propušta svjetlost. Također je izdržljiv, a mnogi ljudi smatraju staklene stakleničke ploče estetski najugodnijim. Nedostatak stakla je, međutim, što može biti vrlo skupo za ugradnju i okvir jer je teško i krhko. Iako propušta puno svjetla tijekom dana, materijal za metalne okvire neophodan za staklene ploče ne izolira dobro, pa se toplina lako gubi. Također je moguće da stakleni staklenik postane prevruć kada nije pravilno prozračen, što može biti kobno za biljke.
Stakleničke ploče od staklenih vlakana jedna su od najjeftinijih opcija, a relativno ih je lako instalirati i zamijeniti. Stakloplastika je također jača od stakla i bolje podnosi tuču. Problem s staklenim vlaknima je što s vremenom može požutjeti i ne propuštati toliko svjetla, zbog čega je potrebno zamijeniti ploče ili koristiti pomoćne grijače. Čišćenje može biti teško, osobito s valovitim pločama od stakloplastike, a neki ljudi smatraju ove vrste ploča neatraktivnim i teško ih se uklapaju s uređenjem okoliša. Drugi problem za stakleničke ploče od stakloplastike je visoka zapaljivost i potreba za zaštitnom odjećom i maskama, zbog opasnih vlakana, prilikom rezanja ploča.
Polikarbonatne stakleničke ploče imaju nekoliko istih prednosti kao stakloplastike, ali bez problema sa zapaljivošću i vlaknima. Osim toga, polikarbonat propušta više svjetla od stakloplastike, i dok ništa ne propušta toliko svjetla kao staklo, polikarbonat raspršuje svjetlost, što stvara optimalno okruženje za uzgoj biljaka. Zadržavanje topline i izolacijska svojstva polikarbonata su izvrsna, a može se premazati otopinom za ultraljubičastu barijeru koja će spriječiti blijeđenje tijekom vremena. Iako nije estetski ugodan kao staklo, polikarbonat je mnogo povoljniji i lakši za održavanje, traje godinama bez loma ili potrebe za teškim okvirima.