Najbolji lijek za bakterijsku vaginozu obično je lijek koji se izdaje na recept. Antibiotici, uzimani u oralnom obliku ili umetnuti u rodnicu, obično su učinkoviti u uklanjanju bakterija odgovornih za bakterijsku vaginozu. Za većinu žena, oralni antibiotici su najbolji tretman za slučaj bakterijske vaginoze, jer su oni koji se umetnu u rodnicu često manje učinkoviti. Ponekad žena može razmotriti i kućni lijek za bakterijsku vaginozu, ali kućni lijekovi obično nisu pouzdani za liječenje ove specifične bakterijske infekcije.
U većini slučajeva, najbolji lijek za slučaj bakterijske vaginoze je antibiotik pod nazivom metronidazol, koji se često prodaje pod robnom markom Flagyl®. Metronidazol se obično propisuje u obliku tableta, ali se može primijeniti i kroz vaginu. Oblik gela koji se ubacuje u rodnicu za liječenje bakterijske vaginoze naziva se Metrogel®. Žena također može koristiti gel pod nazivom klindamicin kao alternativu Metrogelu®. Također je vrijedno napomenuti da neki slučajevi bakterijske vaginoze prolaze sami od sebe.
Općenito, oralni metronidazol učinkovitiji je u liječenju bakterijske vaginoze od vaginalnih aplikacija. U nekim slučajevima, međutim, žena može preferirati vaginalno primijenjene lijekove unatoč činjenici da je malo manje učinkovit od oralnih lijekova. To je zbog činjenice da su neki ljudi prijavili neugodne nuspojave tijekom uzimanja metronidazola. Nuspojave se mogu pojaviti i kod vaginalnih gelova, ali su obično manje i manje je vjerojatno da će se razviti.
Iako se metronidazol obično smatra najboljim lijekom za bakterijsku vaginozu, postoje i drugi antibiotici koji se također mogu pokazati učinkovitima. Jedan od alternativnih tretmana za bakterijsku vaginozu naziva se tinidazol. Iako možda nije tako učinkovit u liječenju bakterijske vaginoze kao metronidazol, smatra se pouzdanim lijekom. Također je povezan s manje nuspojava od metronidazola.
Žena također može biti u iskušenju da isproba kućni lijek za bakterijsku vaginozu. Međutim, kućni lijekovi obično ne uspijevaju, a ženi će možda i dalje trebati liječenje nakon što ih isproba. Liječnici obično preporučuju liječenje, međutim, jer bakterijska infekcija može uzrokovati komplikacije. Na primjer, bakterijska vaginoza može dovesti do pobačaja, prijevremenih poroda i infekcije maternice nakon poroda. Neliječena bakterijska vaginoza također može doprinijeti razvoju upalne bolesti zdjelice, što može dovesti do teške bolesti i trajne neplodnosti.