Najčešći i najučinkovitiji tretman separacijske anksioznosti je kognitivna bihevioralna psihoterapija. Ostali tretmani koji rade s terapijom kognitivnog ponašanja uključuju obiteljsku terapiju, desenzibilizaciju, terapiju razgovorom i lijekove. Važno je napomenuti da se lijekovi smiju koristiti samo u slučajevima ekstremne separacijske tjeskobe i samo u kombinaciji s drugim tretmanima. Prije primanja liječenja od separacijske anksioznosti, djetetu se postavlja dijagnoza kombinacijom informacija prikupljenih od kuće, škole i kliničkih posjeta.
Kognitivna bihejvioralna psihoterapija uči važnim vještinama liječenja tjeskobe pri odvajanju, kao što je kako prepoznati tjeskobne osjećaje i razviti plan za suočavanje s njima. Dijete uči kako su njegovi fizički osjećaji povezani s njegovim osjećajem tjeskobe. Psihoterapeut koristi terapiju igrom, modeliranje, terapiju opuštanja i igranje uloga kako bi naučio dijete učinkovitim metodama suočavanja s anksioznošću separacije.
Obiteljska terapija se često koristi kao dio tretmana separacijske anksioznosti. Uključivanje roditelja i braće i sestara u terapijske sesije uči svakoga kako se bolje nositi s pogođenim djetetom i dolazi do specifičnih problema koji mogu uzrokovati ili pogoršati tjeskobu djeteta. Terapijske sesije koje uključuju cijelu obitelj također potiču osjećaj timskog rada unutar grupe.
Desenzibilizacija je tretman separacijske anksioznosti koji uključuje uvođenje odvajanja postupnim tempom, mjerenje količine vremena i udaljenosti uključenih u odvajanje. To omogućuje djetetu da postupno postane ugodno s osjećajem odvojenosti. Duboko disanje, biofeedback i samoumirujuće tehnike kao što je pozitivan razgovor sa samim sobom također se dobro kombiniraju s kognitivno bihevioralnom psihoterapijom. Terapija razgovorom daje djetetu priliku da razgovara o problemima koji ga muče s nekim tko je obučen da sluša i odgovara na koristan način. Terapija razgovorom ne zamjenjuje intenzivniju kognitivno bihevioralno terapiju.
Djeca kojoj je potreban tretman separacijske anksioznosti imaju nekoliko tipičnih strahova i zabrinutosti. Boje se da će razdvojenost postati trajna, boje se da će se nešto dogoditi onima koje vole ili doživljavaju noćne more o razdvojenosti. Djeca s separacijskom anksioznošću mogu postati pripijena, odbijati ići u školu, imati problema s padanjem ili spavanjem, te razviti bolove u trbuhu ili glavobolju kao odgovor na predstojeću odvojenost.
Roditelji mogu pomoći svojoj djeci slanjem bilješki u kutije za ručak, nagrađujući djetetove napore da se glatko odvoje, da ostanu mirni tijekom razdoblja odvojenosti, razvijaju i održavaju rutine i potiču društvene aktivnosti u kojima dijete uživa. Roditelji također mogu pomoći tako što će osigurati da je njihova vlastita tjeskoba pod kontrolom. Osjetljiva djeca mogu apsorbirati tjeskobu svojih roditelja, što njihov problem pogoršava.