Odabir najbolje metodologije fokusne grupe zahtijeva pomni pogled na to kako svaka vrsta grupe funkcionira i prednosti korištenja svake vrste. Postoje mnoge metodologije, uključujući dvosmjerne, višestruke moderatorske, nominalne, telefonske i online fokusne grupe. Sve vrste metodologije fokusnih grupa koriste moć grupne rasprave za generiranje uvida koji se mogu proizvesti samo od ljudi koji međusobno komuniciraju u nekoj vrsti grupe. Različite metodologije fokusnih grupa proizvode jedinstvene vrste informacija. Ljudi koji komuniciraju u okruženju fokusne grupe vjerojatno će otkriti informacije koje pojedinci inače ne otkrivaju u bilo kojem drugom okruženju.
Korištenje različitih metodologija fokusnih grupa ima koristi. Na primjer, dvosmjerna moderatorska fokusna skupina može proizvesti profinjenije povratne informacije od grupe s jednim moderatorom. Metodologija dvosmjerne fokus grupe uključuje korištenje jedne fokus grupe za promatranje ponašanja s drugom fokusnom grupom koja sudjeluje u raspravama. To potiče raspravu u drugoj skupini i može dovesti do zaključaka do kojih se ne bi došlo bez promatranja prve skupine. Slične prednosti mogu se pojaviti kada fokusne grupe koriste više moderatora.
Tehnika nominalne grupe je metodologija koju koriste oni koji žele donositi odluke brzo, kroz proces glasovanja, uz istovremeno razmatranje svih stavova i mišljenja o određenoj stvari. Svi članovi fokus grupe daju rješenje, napravi se lista svih mogućih rješenja, a članovi grupe rangiraju rješenja od najboljih do najgorih. Moderator može potaknuti raspravu svih članova i pokušati identificirati zajedničke točke među rješenjima. Prednost ove metodologije fokusnih grupa je da proizvodi ideju koristeći sve različite ideje koje se nude u grupi. Konačna ideja je često bolja od bilo koje pojedinačne ideje koju grupa razmatra.
Metodologija fokus grupe koja se koristi u telefonskim i online grupama ima izrazitu prednost što okuplja mnogo različitih sudionika, bez obzira gdje se fizički nalaze. Iako im nedostaje toplina i interakcija osobnog sastanka, ove vrste fokus grupa koštaju daleko manje i mogu biti učinkovite u pružanju kvalitativnog istraživanja. Jedna od prednosti telefonske ili mrežne fokus grupe je razina anonimnosti ispitanika koja daje istinitije odgovore, osobito kada se raspravlja o osjetljivim ili vrlo osobnim temama. Ostale prednosti uključuju prikupljanje podataka iz mnogo veće veličine uzorka i smanjenje vjerojatnosti da pritisak vršnjaka utječe na odgovore.