Bakterijsko ispitivanje endotoksina obično uključuje upotrebu reagensa koji, kada se pomiješaju u otopini s mogućim kontaminantom, izazivaju reakciju, što označava prisutnost endotoksina. Kromogeno testiranje, gel ugrušak i turbidimetrijsko testiranje metode su koje znanstvenici obično koriste za testiranje bakterijskih endotoksina. Tehničari koriste ove metode procjene na raznim tvarima i predmetima kada provjeravaju kontaminaciju endotoksinom. Voda, sirovine koje se koriste za izradu lijekova, oprema i ambalaža moraju zadovoljiti standarde endotoksina.
Bakterije, gljive i virusi imaju zaštitne vanjske membrane koje se sastoje od lipopolisaharida, koji se također nazivaju LPS. Lipidni dio ovih lanaca sadrži endotoksine. Ove tvari općenito ostaju unutar membrane, ali se oslobađaju tijekom procesa stanične diobe i tijekom stanične destrukcije ili lize. Kod ljudi te tvari uzrokuju groznicu, abnormalnu koagulaciju, septički šok i druge simptome, iako se za razliku od egzotoksina unutar stanice, endotoksini ne pretvaraju u toksoid. Općenito, mikrobiolozi provjeravaju prisutnost endotoksina povezanih s različitim gram-negativnim bakterijama, uključujući E. coli.
Test gel ugrušaka, ili test Limulus ameboecitnog lizata (LAL), uključuje korištenje kemikalije koja uništava membranu dobivenu iz amebocita rakova potkovača, koji se također naziva Limulus polyphemus. Tehničari primjećuju pozitivnu indikaciju endotoksina ako dođe do zgrušavanja ili želiranja kada je lizat izložen predmetu ili tvari u pitanju. Mikrobiolozi obično koriste ovu metodu testiranja bakterijskih endotoksina u kombinaciji s kromogenim i turbidimetrijskim testiranjem za konačne rezultate.
Testiranje kromogenih bakterijskih endotoksina koristi posebno tretirani LAL. Kada ovaj lizat dođe u kontakt s endotoksinom, reakcija proizvodi specifičnu boju. Završni postupak ispitivanja uključuje mjerenje zamućenosti ili zamućenosti otopine. Tehničari izlažu otopinu nastalu u testu gel ugruška spektrofotometru, koji emitira snop svjetlosti. Mjerenjem gubitka intenziteta svjetlosti u snopu tijekom prolaska kroz otopinu, mikrobiolozi mogu utvrditi je li endotoksin prisutan ili ne.
Laboratorijski suradnici općenito ispunjavaju ova tri testa na bakterijske endotoksine dva ili tri puta kako bi osigurali točne rezultate. Gel test se ne koristi isključivo jer je njegova najniža granica detekcije 0.03 Ehrlichove jedinice po mililitru (EU/ml). Kromogeni i turbidimetrijski testovi otkrivaju endotoksine u rasponu od 0.005 EU/ml. Sigurnosni parametri uvelike se razlikuju ovisno o tvari koja se ispituje. Dok sterilna voda koja se koristi za injekcije ili navodnjavanje ne može sadržavati više od 0.25 EU/ml, sterilna voda za inhalaciju može sadržavati do 0.5 EU/ml.