Malarija se liječi klasom lijekova koji su, ne iznenađujuće, poznati kao antimalarici. Lijekovi protiv malarije osmišljeni su da napadaju parazite koji uzrokuju bolest, sprječavajući njihovo širenje, a istovremeno ih ubijaju kako ne bi mogli nastaviti izazivati infekciju. Uspjeh liječenja varira, ovisno o tome koji soj malarije pacijent ima, jesu li paraziti rezistentni na lijekove ili ne i je li pacijent u stanju dovršiti tijek potrebnih lijekova.
Ova infekcija koju prenose komarci muči ljude stoljećima, sve dok otkriće kinina nije omogućilo liječnicima da liječe pacijente oboljele od te bolesti. Međutim, sojevi otporni na kinin brzo su se razvili, što je istraživače natjeralo da rade na novim klasama lijekova za liječenje malarije. Ova bitka između istraživača i parazita traje do danas, a farmaceutske tvrtke neprestano istražuju nove tretmane.
Ako pacijent ima ono što je poznato kao nekomplicirana malarija, on ili ona se mogu liječiti ambulantno, idealno unutar 24 sata od pojave simptoma. Ispitivat će se krv pacijenta kako bi se utvrdio soj koji uzrokuje infekciju, a zatim će se propisati odgovarajući oralni lijek. Medicinski stručnjaci moraju uzeti u obzir bolesnikovu anamnezu, kao i sve druge lijekove koje pacijent može uzimati, prije nego što odluče koji će antimalarijski lijek koristiti.
U slučaju bolesnika s teškom malarijom potrebna je hospitalizacija, a lijekovi se daju intravenozno ili putem čepića. Neki lijekovi koji se koriste za liječenje ovog oblika bolesti uključuju kombinacije sulfadoksin/pirimetamin i atovaquone/proguanil, kao i meflokin hidroklorid, kinin sulfat, klorokin, doksiciklin, primakin i derivate artemisina. Troškovi ovih tretmana lijekovima variraju, a to je još jedna stvar koju treba uzeti u obzir u liječenju, jer je važno da pacijenti završe s uzimanjem cijelog tijeka lijekova; inače bi mogli razviti malariju otpornu na lijekove.
Najbolji način za liječenje malarije je, naravno, prevencija. Profilaktički lijekovi se snažno preporučuju ljudima koji žive ili putuju u područjima gdje je bolest endemska, ali nažalost mnogi ljudi u zemljama u razvoju ne mogu si priuštiti tečajeve za profilaktičke lijekove. Neke dobrotvorne organizacije besplatno daju takve lijekove zajednicama u svijetu u razvoju, ali teško je dobiti potpunu pokrivenost u područjima poput subsaharske Afrike i jugoistočne Azije. Rizik od malarije također se može smanjiti korištenjem mreže protiv komaraca za pokrivanje kreveta, zaslon na prozorima i korištenjem repelenata protiv buba kako bi se komarci i drugi insekti držali podalje.