O povezanosti imunizacije i autizma napisano je nevjerojatno mnogo. Brojne roditeljske skupine snažno smatraju da bi neke imunizacije mogle biti odgovorne za slučajeve autizma. Ovaj snažan osjećaj i roditeljski aktivizam više puta su doveli do zahtjeva za istraživanjem ove veze, a provedena klinička istraživanja sugeriraju da nema veze između imunizacije i autizma. Medicinska zajednica izravno se protivi uspostavljenoj vezi, a u to su se uključili čak i sudovi, koji su 2010-ih donijeli presude da nikakva veza ne postoji.
Jedna od najjačih studija koja je upućivala na povezanost imunizacije i autizma objavljena je u uglednom medicinskom časopisu The Lancet 1998. godine. Kasnije je otkriveno da ovaj članak sadrži podatke koji su bili izmišljeni i netočni, a 2010. godine, The Lancet ga je povukao. Njegova prisutnost izazvala je burnu zabrinutost, osobito među roditeljima, a s rastućom stopom autizma, mnogi su zagovarali odustajanje od cijepljenja. Liječnici, koji su smatrali da je rizik od obolijevanja od ozbiljnih bolesti još uvijek mnogo veći od rizika od autizma, nisu podržali ovaj izbor.
Neko vrijeme fokus u skupinama za zagovaranje roditelja bio je na prisutnosti kemikalije u nekim cjepivima zvane timerosal. Smatralo se da povećava rizik od autizma, prema članku The Lancet i drugim izvorima. Ovo pitanje je također istraženo, a timerosal je uklonjen iz većine cjepiva. Trenutačno, prema medicinskim i pravosudnim standardima, ova kemikalija nije odgovorna za slučajeve autizma, a posebno za cjepivo protiv ospica, zaušnjaka i rubeole (MMR), koje grupe za zagovaranje roditelja smatraju vjerojatnim uzrokom autizma, ne smatra se da ima nikakve odnos prema bolesti. Iznimka je da se prvi simptomi autizma mogu pojaviti otprilike u isto vrijeme kada se daje MMR, što je slučaj bez obzira na to da li djeca stvarno primaju cjepivo ili ne.
Nedavna istraživanja o ovoj bolesti sugeriraju manje povezanosti između imunizacije i autizma, a više veze s genetikom. Opsežna studija u koju je uložila velika organizacija Autism Speaks, procijenila je preko 2000 djece kako bi se utvrdilo postoje li genetski čimbenici koji predisponiraju ljude na autizam, a pokazalo se da postoje. Oni jednostavno nisu pojedinačni, već uključuju male nedostatke ili razlike na mnogim različitim genima. Jasno je da jedan gen nije odgovoran za to stanje, ali ljudi mogu imati niz gena koji više predviđaju pojavu autizma.
Čak i uz sve ove dokaze, korelacija između imunizacije i autizma ne može se u potpunosti isključiti u svim slučajevima. Postoje određeni čimbenici koji se tome protive. Razina cijepljenja sada je pala zbog straha da je autizam uzrokovan cjepivima, a ipak razina autizma nastavlja rasti. Autizam se mnogo češće javlja kod dječaka nego kod djevojčica, ali su oba spola jednako cijepljena.
Legitimna znanost nije uspjela dokazati korelaciju između imunizacije i autizma. Većinu dokaza koji upućuju na povezanost pružaju medicinski laici i nije ih poduprla čvrsta znanost. Gotovo sve legitimne medicinske organizacije pobijaju povezanost i izražavaju duboku zabrinutost zbog potencijalnih opasnosti izbjegavanja cijepljenja.