Iako je Alabama postala država 1819., povijest njezine državne zastave započela je tek 1861. kada je donesena odluka da se odvoji od Unije. U siječnju 1861., na Konvenciji o secesiji, delegati su usvojili prvu državnu zastavu Alabame. Ta se zastava koristila samo nekoliko tjedana; do ožujka 1861., Alabama je umjesto toga počela koristiti prvu od dvije zastave Konfederacije kao vlastitu. Godine 1865., nakon završetka građanskog rata, zastava Sjedinjenih Država postala je službena zastava Alabame. Konačno, 1891. godine, Alabama je dizajnirala i na kraju usvojila jedinstvenu zastavu koja se od tada vijori nad državom.
Državnu zastavu Alabame iz 1861. dizajnirala je u Montgomeryju mala skupina žena. Na jednoj strani zastave prikazan je lik božice slobode koja u jednoj ruci drži mač, au drugoj manju zastavu sa samo jednom zvijezdom; riječi “Neovisni sada i zauvijek” pojavile su se iznad figure. Na drugoj strani je bila namotana zvečarka zajedno s biljkom pamuka s riječima “Ne dodiruj me” ispod ovog prikaza. Ova se zastava ponekad naziva zastavom Konvencije o secesiji ili zastavom Republike Alabama. Otprilike mjesec dana nakon što je usvojena kao državna zastava Alabame, jaka ju je oluja oštetila, a zastava je uklonjena i nikad se više nije vijorila.
Ubrzo nakon što je prva državna zastava Alabame uklonjena, država je odlučila koristiti nacionalnu zastavu Konfederacije. U službenim prilikama vijorila se prva državna zastava ili druga nacionalna zastava Konfederacije. Kada je građanski rat završio 1865., te su zastave uklonjene, a Alabama se vratila na korištenje zastave Sjedinjenih Država.
Alabama je koristila zastavu Sjedinjenih Država do 1891. kada je naručen novi dizajn državne zastave. Konačno, 1895. godine zakonodavno tijelo odobrilo je novu zastavu, koja i danas ostaje državna zastava Alabame. Odobreni dizajn bio je oblikovan na zastavi Konfederacije i postao je druga službena državna zastava Alabame.
Od svih 50 državnih zastava, Alabama je jedna od najjednostavnijih po dizajnu. Prema zakonu, zastava Alabame je grimizni križ sv. Andrije postavljen uz bijelo polje. Boje korištene u zastavi predstavljaju hrabrost i čistoću, dok križ odražava dio dizajna zastave Konfederacije. Budući da zakon ne diktira mora li zastava biti pravokutna ili kvadratna, gleda se u oba smjera.