Za razliku od drugih simbola Iowe kao što su državni pečat i cvijet, državna zastava Iowe nije bila određena sve do 20. stoljeća. Manje od 20 godina nakon što se Iowa pridružila Uniji, počeo je američki građanski rat, nakon čega su građani države smatrali da je nacionalna zastava sve što je potrebno. Zastava je dizajnirana 1917. kao odgovor na zahtjeve pripadnika Nacionalne garde za amblemom koji bi ih predstavljao. Nakon kratkog razdoblja korištenja u tu svrhu, dizajn državne zastave službeno je usvojila Državna generalna skupština 1921. godine.
Iowa se pridružila Uniji kao 29. država 1846. Između tada i 1917. nekoliko je skupina pozvalo na zastavu koja bi predstavljala državu. Međutim, klevetnici su smatrali da bi određivanje državne zastave Iowe poslužilo da se umanji važnost američke nacionalne zastave. Taj je osjećaj bio posebno izražen u godinama nakon građanskog rata, budući da se nacija ponovno ujedinila, a Iowans nisu željeli dati izgled da se odvajaju od Unije.
Godine 1917., jedinice Nacionalne garde iz Iowe pridružile su se onima iz drugih država u službi duž granice između SAD-a i Meksika. Gardisti su napomenuli da ostale pukovnije imaju državne zastave koje ih predstavljaju, te su izrazili želju za vlastitom zastavom. Guverner William L. Harding zatražio je dizajn državne zastave Iowe, projekt koji su poduzele Kćeri američke revolucije (DAR). Član DAR-a i stanovnik Knoxvillea, Iowa, Dixie Cornell Gebhardt zaslužan je za konačni izgled zastave.
Gebhardt je odabrao trobojnu pozadinu za državnu zastavu Iowe, s okomitim prugama jednake veličine plave, bijele i crvene. Ova shema boja bila je znak francuskoj pozadini države, koju su SAD kupile u sklopu kupnje Louisiane od Francuske. Boje također imaju odvojena značenja, pri čemu plava označava pravdu, odanost i istinu, bijela simbolizira čistoću, a crvena predstavlja hrabrost.
Plave i crvene pruge su čvrste, bez ikakvog dizajna na njima. Bijela pruga sadrži orla, nacionalnu pticu SAD-a, koja u kljunu nosi plave transparente. Ovi transparenti sadrže moto države Iowa: “Naše slobode cijenimo, a naša prava ćemo zadržati.” Kombinirajući nacionalni simbol s državnim motom, Gebhardt je nastojao pokazati da je Iowa dio SAD-a, a ne zaseban entitet. Završno obilježje državne zastave Iowe je ime države crvenim velikim slovima ispod orla.
Nakon što su nacionalni gardisti Iowa koristili zastavu tijekom Prvog svjetskog rata, država ju je službeno usvojila kao državnu zastavu Iowe 29. ožujka 1921. Državni propisi reguliraju pravilnu veličinu i prikaz zastave, uključujući odredbu da sve škole u državi moraju vijoriti zastavu svaki školski dan. Kodeks zastave SAD-a postavlja smjernice za prikazivanje s nacionalnom zastavom.