Južna Dakota može biti rijetkost među američkim državama jer istovremeno postoje tri službene državne zastave različitog dizajna. Prvi dizajn državne zastave Južne Dakote u konačnici se pokazao preskupim za održavanje. Zamijenjen je sličnim, ali jeftinijim dizajnom 1963. Zakon iz 1992. promijenio je nadimak Južne Dakote iz “The Sunshine State” u “The Mount Rushmore State”. Zakoni za promjene iz 1963. i 1992. sadržavali su odredbu da sve prethodne zastave izrađene u skladu sa zakonom Južne Dakote trebaju ostati službene državne zastave.
Svaka verzija državne zastave Južne Dakote u svom je dizajnu uključila državni pečat Južne Dakote. Ono što je postalo državni pečat dizajnirano je prije prijema Južne Dakote u Uniju kao 40. američke države 1889. Izvorni dizajn državne zastave Južne Dakote usvojen je 1909. Dizajn je izradila Ida Anding McNeil, zakonodavna knjižničarka za Južnu Dakotu . Zastava je bila dvostrana, s užarenim suncem s jedne strane i Velikim pečatom Južne Dakote s druge.
Na zastavi iz 1909. sunce u zlatu nalazi se u središtu plave podloge. Iznad sunca, u luku njegovog kruga, zlatnim je slovima ispisano “Južna Dakota”. Ispod sunca, isto tako u luku njegovog kruga, zlatnim je slovima ispisano “Sunčevo stanje”. Na poleđini sunca na tamnoplavom polju otisnut je državni pečat.
Državni pečat sastoji se od kruga u kojem su prikazani različiti simboli Južne Dakote. Krug pečata dijeli rijeka kojom putuje parobrod. Desno od rijeke seljak ore red za sadnju, a iza seljaka stoka pase u polju. Preko rijeke je topionica, a u daljini se naziru planine prekrivene snijegom. U vrhu kruga na transparentu je državni moto: “Pod Bogom vlada narod”.
Zastava iz 1909. ostala je državna zastava Južne Dakote do 1963. Iako je još uvijek bio popularan dizajn, do tada su zakonodavci utvrdili da je zastava s amblemom na svakoj strani preskupa za izradu. Ukazali su na činjenicu da postoji malo državnih zastava i da su rijetko viđene da se vijore. Zakon iz 1963. godine stavio je državni pečat u središte nazubljenog sunca, kombinirajući tako oba simbola na jednoj strani zastave. Novi zakon ostavio je netaknut status zastave iz 1909. kao službene državne zastave.
Godine 1992. zakonodavno tijelo ponovno je promijenilo državnu zastavu Južne Dakote. Zamijenio je izraz “The Sunshine State” ispod državnog pečata s “The Mount Rushmore State”. U ovom zakonu, zastava iz 1963. još uvijek je službena zastava. Trenutačno je jedini službeni državni nadimak za Južnu Dakotu, međutim, “država Mount Rushmore”.