Povijest državne zastave Mississippija uključuje odvajanje države od Unije, rekonstrukciju i glasovanje u 21. stoljeću za promjenu starog dizajna. Mississippi nije imao zabilježenu zastavu sve dok se nije odcijepio od Unije 1861. i stvorio zastavu koja predstavlja novu suverenu naciju Mississippi. Godine 1894., državno zakonodavstvo odlučilo je stvoriti novu zastavu koja će se podudarati s mjestom države u ponovno ujedinjenoj zemlji. Ta je zastava služila kao službena državna zastava Mississippija 107 godina kada je održano glasovanje o tome hoće li se promijeniti tradicionalni dizajn ili ne.
Odluka naroda Mississippija da se odvoji od Unije potaknula je potrebu za državnom zastavom Mississippija. U početku su usvojili Bonnie Blue Flag koju je koristila bivša Republika Florida. Ova zastava je jednostavno bila plava pozadina s bijelom zvijezdom u sredini i bila je samo službena zastava nekoliko tjedana. Zakonodavac ga je brzo promijenio premjestivši plavi kvadrat i bijelu zvijezdu u kut bijele pozadine, dodajući stablo magnolije u sredinu i crvenu traku sa strane.
Nakon što su se države ponovno ujedinile na kraju građanskog rata, Mississippi je stvorio novu zastavu s borbenom zastavom Konfederacije u kutu i crvenom, bijelom i plavom prugom koja ide preko nje. Ova zastava poslala je mješovitu poruku o svom podrijetlu. Na primjer, borbena zastava Konfederacije većini je ljudi izgledala kao simbol članstva Mississippija u Konfederaciji, ali službeni opis zastave naziva je trgom Unije. Postoji 13 zvijezda koje ispunjavaju križ koji bi mogao simbolizirati ili 13 izvornih kolonija ili 13 država koje su bile dio Konfederacije.
Ova vrsta dvosmislenosti u značenju državne zastave Mississippija navela je neke ljude da dovode u pitanje njezinu valjanost u 20. stoljeću. Godine 2001. guverner Musgrove potpisao je zakon, dopuštajući stanovnicima Mississippija da glasaju za zadržavanje stare zastave ili promjenu u novi dizajn koji bi izazvao manje kontroverzi. Novi dizajn imao je iste crvene, bijele i plave pruge, ali se kutni kvadrat promijenio u plavu pozadinu s 19 malih zvijezda i jednom velikom zvijezdom koje su predstavljale Mississippi i 19 drugih država koje su bile dio Unije 1817. velika većina glasovala je da državna zastava Mississippija ostane onakva kakva je bila više od 100 godina.