Državni pečat Minnesote izazvao je kontroverze od svog usvajanja 1849. oko prikaza Indijanaca Siouxa. Seth Eastman, čija je supruga autorica knjiga o indijanskom stanovništvu države, nacrtao je prvu verziju državnog pečata. Eastmanova je skica mogla prikazati Indijance kao inferiorne, što je odražavalo prihvaćeno uvjerenje mnogih i bilo je tema za zabrinutost u to vrijeme. Minnesota je još bila teritorij kada je odobren državni pečat.
Prvi državni pečat Minnesote prikazivao je seljaka bez cipela kako stoji u blizini rijeke Mississippi i promatra Indijanca na konju kako jaše u zalazak sunca. Prikazivano je sunce, s latinskim motom države koji je glasio: “Želim vidjeti ono što je izvan.” Kada je slika izlivena u broncu, latinska fraza je bila pogrešno napisana, što joj je dalo besmisleni prijevod „Pokrivam da vidim što je gore“.
Kada je Minnesota postala država 1858., njezin državni tajnik je zatražio od guvernera službeni državni pečat Minnesote za obavljanje poslova. Guverner Henry Sibley dopustio je korištenje teritorijalnog pečata dok se ne osmisli novi simbol. Prva revizija prikazala je Indijanca kako jaše na konju s lijeve strane, a farmera kako ore okrenut udesno. “Zvijezda sjevera”, na francuskom, zamijenila je latinski izraz na novom državnom pečatu Minnesote.
Brončani odljev pečata slučajno je izgubljen tijekom razornog požara u glavnom gradu države 1881. godine. Jedan nizozemski državljanin pronašao ga je na ulici i odnio sa sobom u Europu, nesvjestan što predmet predstavlja. Kasnije je odlučio vratiti državni pečat Minnesote preko para koji je otputovao u Englesku da ga dohvati. Do tada su majstori urezali novi pečat, pa je izgubljeni dat u muzej.
Indijanska plemena Minnesote dovela su u pitanje negativnu simboliku vezanu uz pečat 1960-ih, što je potaknulo novu verziju državnog pečata Minnesote. U ovoj reviziji mjesto indijskog konjanika zauzeo je kavkaski jahač. Pečat se prestao koristiti na službenim dokumentima Minnesote 1971. godine.
Kontroverza je ponovno nastala početkom 1980-ih, kada su zakonodavci izglasali vraćanje indijske slike na državni pečat Minnesote, zajedno s objašnjenjem za akciju. Zakonodavci su napisali da Indijanci predstavljaju državno nasljeđe u lovu, sunce oslikava ljeto, a seljački plug, puška i sjekira slave državnu povijest teškog rada i poljoprivrede. Panj u blizini farmera bio je simbol drvne industrije u Minnesoti, dok je rijeka Mississippi označavala transportne rute.