Korištenje paste za zube seže unatrag čak 5000 godina prije Krista i ima dužu povijest od četkica za zube. Mnoge drevne civilizacije koristile su neku vrstu paste za zube za čišćenje zuba, iako se često koristila u obliku praha, a ne kao pasta. Međutim, povijest paste za zube varira unutar svake zemlje, a svaka kultura je imala svoje recepte i rituale za održavanje zuba čistima. Egipćani su bili među prvima koji su koristili pastu za zube i često su u nju ubacivali sastojke poput drvenog ugljena i ljuske jaja, a neobični sastojci poput sapuna bili su uobičajeni u nekim područjima stoljećima. Mnogi stručnjaci vjeruju da su ga indijske i kineske kulture također počele koristiti u 5. stoljeću prije Krista.
Egipćani su svoje rane paste za zube stvarali s raznim sastojcima. Neki egipatski recepti za pastu za zube možda su uključivali spaljene ljuske jaja, pepeo od volovskih kopita, smirnu, plovućca i vodu pomiješane. No, prije izuma četkice za zube koristili su se mnogi recepti, pa su Egipćani koristili krajeve štapića, koji se često nazivaju štapićima za žvakanje, za nanošenje paste za zube.
U ranoj povijesti pasta za zube, smatra se da su stari Grci i Rimljani radije dodavali tvrđe predmete u svoje recepte za pastu za zube kako bi stvorili grubu, abrazivnu pastu koja bi dobro čistila. To je postignuto mljevenjem školjki i kostiju kamenica. Ugljen i kora također su dodani u recepte rimskih pasta za zube, kao i arome za osvježavanje daha.
Kinezi su također imali razne recepte za pastu za zube, a često su koristili začinsko bilje i sol u nadi da će očistiti svoje zube. Kako bi osvježili dah, Kinezi su žvakali mirisne štapiće s drveća. Mnogi stručnjaci za povijest pasta za zube vjeruju da su Kinezi izumili i prvu četkicu za zube tijekom 15. stoljeća prije Krista.
Od 1800-ih do 1945. mnogi recepti paste za zube sadržavali su sapun koji je pružao glatkiju teksturu. Međutim, nakon 1945. u tu svrhu korišteni su sastojci kao što je natrijev lauril sulfat. Tekstura paste sa sastojcima za zaglađivanje bila je vrlo slična pastama za zube koje se koriste u moderno doba. Kreda je također bila čest sastojak u pastama za zube sredinom do kasnog 1800-ih, a betel je redovito bio uključen u uobičajene recepte za paste za zube koji su se koristili u Engleskoj.
Tijekom kasnije povijesti paste za zube, proizvod se nastavio razvijati. Stvorene su napredne formule za izbjeljivanje i dodan je fluor, na primjer. Utvrđeno je da fluor sprječava karijes, a formule za izbjeljivanje korištene su kako bi se spriječilo žutilo zubne cakline. Specijalne paste za zube također su postale uobičajene, uključujući formule za one sa temperaturno osjetljivim zubima, osjetljivim desnima i simptomima suhih usta.