Struktura amilaze, enzima koji razgrađuje škrob i složene šećere u jednostavne šećere, obično je prilično jednostavna, ali enzim igra važnu ulogu u probavi ugljikohidrata. Postoje dvije različite varijacije ove molekule, nazvane alfa amilaza i beta amilaza. Ljudsko tijelo ima dvije vrste alfa amilaze, jednu u slini i jednu u gušterači. Obje molekule važne su u probavi ugljikohidrata, budući da tijelo ne može probaviti složene šećere i škrob, a da ih prethodno ne razgradi. Beta amilaza nije prisutna u ljudskom tijelu, a obično se nalazi u biljkama i sjemenkama.
Iako struktura i vrsta amilaze mogu varirati među organizmima, postoje neke karakteristike koje su zajedničke svim molekulama amilaze. Alfa i beta amilaze sadrže strukturu koja se naziva bačvasta regija, koja doprinosi velikom dijelu cjelokupnog oblika enzima. Enzimi također imaju bitno područje koje se zove aktivno mjesto. To je dio enzima koji se veže na složeni šećer ili škrob kako bi ga razgradio. Proces razgradnje ugljikohidrata na aktivnom mjestu uključuje interakcije između više skupina atoma i iona, kako na aktivnom mjestu tako i na molekuli ugljikohidrata.
U ljudskom tijelu struktura amilaze je slična bez obzira da li se nalazi u slini ili u gušterači. Obje ljudske varijante amilaze male su molekule sastavljene od jednog lanca građevnih blokova koji se nazivaju aminokiseline. Lanac aminokiselina tvori tri različite regije nazvane domene, a svaka domena ima specifičnu biološku funkciju koja pomaže u razgradnji ugljikohidrata. Dvije od ovih domena međusobno su čvrsto povezane, dok se treća domena može značajno razlikovati među amilazama. Unatoč njihovoj sličnosti, amilaze sline i pankreasa nisu zamjenjive; amilaza gušterače obično završava posao koji je započela amilaza sline.
Iako je struktura amilaze obično jednostavna, postoje neke varijante koje su znatno složenije od većine. Većina alfa amilaza vrlo je slične duljine, ali neke se skupljaju u više od tri uobičajene domene. Neke beta amilaze su ogromne u usporedbi s alfa amilazama, jer sadrže četiri odvojena lanca aminokiselina umjesto jednog. U ovom slučaju se gradi struktura amilaze četiri puta veća od većine drugih. Mnogi poznati prehrambeni usjevi sadrže ovu vrstu amilaze, uključujući ječam, soju i slatki krumpir, ali veličina molekule amilaze ne poboljšava niti umanjuje nutritivna svojstva biljke.