Veza između estrogena i folikulostimulirajućeg hormona (FSH) je da su estrogen i FSH ključni dijelovi ciklusa jajnika, što je proces kojim žena ovulira; FSH pokreće ciklus jajnika, što zauzvrat potiče proizvodnju estrogena. Još jedna poveznica između estrogena i FSH je da su oba hormona, što znači da reguliraju kemikalije koje usmjeravaju fiziološke funkcije u tijelu. Estrogen je spolni hormon dok je FSH gonadotropin. Njihove su uloge uvelike različite unatoč tome što su obje unutar područja ženske spolne reprodukcije. Uloga FSH je kontrolirati sve razvojne faze jajnika od rođenja do menopauze; uloga estrogena je prvenstveno kontrolirati ženski menstrualni ciklus.
I estrogen i FSH neophodni su sastojci menstruacije i trudnoće. FSH pokreće proizvodnju jednog jajeta i oslobađa se svakih 28 dana, zbog čega je potrebno da žena stvori sluznicu maternice koja može ublažiti oplođenu jajnu stanicu ili biti izbačena kao reproduktivni otpad tijekom menstruacije. Estrogen uzrokuje rast i zadebljanje te sluznice maternice, koja je također poznata kao endometrij. Bez estrogena i FSH, ženska reprodukcija ne bi bila moguća.
Svaki mjesečni ciklus jajnika počinje kada hipofiza otpusti FSH, pokrećući stvaranje jajne stanice ili jajašca u jednom od ženinih jajnika. Tijekom razvoja jajne stanice, prvo se formira jajni folikul; ovaj folikul, koji će na kraju biti zaštitna vrećica oko jajne stanice dok ne sazrije i otpusti se u jajovode za ovulaciju, je ono što luči ženski hormon estrogen. Točnije, folikul emitira oblik estrogena poznat kao estradiol. Dok druga tkiva u tijelu mogu proizvoditi niske razine estrogena, folikuli jaja regulirani FSH odgovorni su za glavne razine proizvodnje estrogena u ženskom tijelu.
Tijekom prvih 14 dana 28-dnevnog menstrualnog ciklusa, razine estrogena i FSH su najviše jer se folikul razvija tijekom nekoliko dana. 14. dana nakon što je jaje sazrijelo, ono se oslobađa iz folikula i putuje u jajovod. Lijevi folikul, nazvan corpus luteum, nastavlja lučiti male količine estrogena do 28. dana ciklusa kada cijeli proces počinje iznova nakon što FSH obnovi svoju aktivnost.
Početak menopauze ima drastične učinke na estrogen i FSH. Ostarjeli jajnici prestaju biti prijemčivi na FSH i zanemaruju signale za proizvodnju jajnih folikula. To pak rezultira padom proizvodnje estrogena. Gubitak estrogena može imati štetne učinke na žene, budući da, osim reprodukcije, estrogen pomaže u elastičnosti kože, uravnoteženju raspoloženja i zdravlju vulve i drugih dijelova rodnice. Mnogi liječnici stoga propisuju steroidne estrogene kako bi nadomjestili koncentracije hormona koje tijelo više prirodno ne proizvodi.