Veza između mokraćnog i reproduktivnog sustava leži u ranom fetalnom razvoju ovih sustava i anatomskom položaju sustava. Mokraćni i reproduktivni sustav kod ljudi nastaju iz istog embrionalnog sloja tijekom fetalnog razvoja. Tijekom prvog tromjesečja sazrijevanja fetusa, ova dva sustava se razlikuju i postaju dvije odvojene tjelesne funkcije. Mokraćni sustav se razvija u sustav tjelesnih funkcija za uklanjanje otpada, a reproduktivni sustav se razvija u sustav tjelesnih funkcija s jedinom svrhom da ovjekovječi vrstu.
Mokraćni i reproduktivni sustav razvijaju se iz srednjeg sloja mezoderma. Iz ovog sloja razvijaju se bubrezi, spolne žlijezde, Wolffovi kanali i Müllerovi kanali. Wolffovi kanali atrofiraju kod ženki, ali razvijaju sjemene mjehuriće, sjemenovod, epididimis i ejakulacijski kanal kod muškaraca. Müllerovi kanali formiraju se u maternicu, jajovode i rodnicu kod žena. Gonade postaju testisi kod muškaraca, a jajnici u ženki.
Kasnije u razvoju, nakon što se bubrezi popnu na svoje mjesto, mjehur se formira od dijelova Wolffovih kanala i endodermalne kloake. Uretra je u potpunosti formirana u ženki, a djelomično u muškaraca iz endodermalne kloake. Ostatak muške uretre razvija se iz vanjskih genitalija.
Kod muškaraca se mokraćni i reproduktivni sustav malo preklapaju. Uretra kod muškaraca ima dvostruku svrhu i za eliminaciju urina i za ejakulaciju sperme. Urin se stvara u bubrezima kao otpadni materijal i putuje niz mokraćovode do mokraćnog mjehura radi skladištenja do eliminacije iz tijela. Na mjestu mokrenja, urin teče iz mjehura kroz uretru i izlazi iz tijela iz penisa.
Gonade mužjaka nazivaju se testisi. Spermiji se razvijaju unutar testisa i pohranjuju se u zavojnicama epididimisa. Prije ejakulacije, sperma putuje iz skladišta u epididimisu kroz sjemenovod, koji leži odmah iza mokraćnog mjehura i povezuje se s mokraćnom cijevi. Zatim se sperma ejakulira iz tijela preko uretre kroz kraj penisa.
Kod žena, mokraćni i reproduktivni sustavi su razdvojeni, iako se i uretra i vaginalni otvor nalaze unutar malih usana vagine. Kao i kod muškaraca, urin se proizvodi u bubrezima i putuje do mokraćnog mjehura preko mokraćovoda. Urin se emitira iz žene kroz uretru, koja se nalazi ispred vaginalnog otvora smještenog unutar malih usana.
Jaja se proizvode u ženskim spolnim žlijezdama, odnosno jajnicima. Obično će jedno jaje putovati iz jajnika u jajovode i konačno u maternicu. Ako do oplodnje jajašca ne dođe, nastupit će menstruacija, što će omogućiti da se sloj endometrija maternice i neoplođeno jajašce emitiraju kroz cerviks, u rodnicu i iz tijela kroz vaginalni otvor.