Anatomija moždanog debla odgovorna je za osnovne životne funkcije. Uključuje srednji mozak, most i duguljastu moždinu. Anatomija moždanog debla dio je tijela koji povezuje mozak s leđnom moždinom i ostatkom živčanog sustava. Disanje, krvni tlak i probava funkcije su kojima upravlja anatomija sadržana kao dio moždanog debla.
Vidom i sluhom upravlja dio moždanog debla poznatog kao srednji mozak, koji se nalazi neposredno ispod moždane kore. Substantia nigra bazalnih ganglija nalazi se u ovom području mozga. Dopamin se proizvodi u ovoj regiji, a područje također kontrolira kretanje. Crvena jezgra u srednjem mozgu komunicira s motornim neuronima. Svijest i budnost kontroliraju se kroz retikularnu formaciju koja se nalazi u ovom dijelu.
Dalje ispod srednjeg mozga u anatomiji moždanog debla nalazi se područje ponsa. Ovdje se obrađuje interpretacija slušnih senzornih informacija. Pons također ima veze s malim mozgom i utječe na kretanje. Primarna funkcija strukture mosta je povezivanje moždane kore i produžene moždine. Potrebne automatske funkcije, kao što su spavanje, disanje, zijevanje i treptanje, reguliraju se iz struktura koje se povezuju s ovim odjeljkom.
Treći glavni dio anatomije moždanog debla je oblongata medulla. To je donji dio moždanog debla i kontrolira regulaciju povraćanja, funkcije srca i krvi te probavu. Postoje dva glavna dijela produžene moždine poznata kao gornji i donji. Donji dio strukture povezuje se izravno s živcima unutar vrha leđne moždine. Protok krvi ovdje prolazi kako bi stigao do ostatka mozga i opskrbio ga kisikom.
Snopovi kranijalnih živaca također su dio anatomije moždanog debla. Različiti živci spajaju se na različite dijelove, a veliki snopovi svaki kontroliraju određene funkcije mozga i tijela. Svaki dio kontrolira motoričke sposobnosti, interpretira senzorne informacije i komunicira s malim mozgom.
Bolesti i lezije mogu narušiti anatomiju moždanog debla uzrokujući glavobolje, probleme s govorom, spuštanje lica i gubitak sluha. Tumori se dijagnosticiraju korištenjem aparata za magnetsku rezonancu (MRI). Bolesti u tom području uzrokuju slabost mišića, vrtoglavicu i probleme s gutanjem. Većina kranijalnih živaca povezana je preko moždanog debla, tako da su problemi u ovom području vrlo ozbiljni i mogu uzrokovati velike probleme u životu.