Glatki endoplazmatski retikulum obavlja niz važnih metaboličkih funkcija unutar stanice. Točna funkcija mijenja se ovisno o specifičnoj vrsti ćelije. Kada se spoj ne metabolizira, glatki endoplazmatski retikulum djeluje kao mjesto skladištenja sve dok metabolizam ne počne ponovno. Druge važne funkcije su detoksikacija spojeva unesenih u stanicu i pakiranje novostvorenih proteina.
Opći izgled glatkog endoplazmatskog retikuluma je membrana presavijena na sebe, značajka koja uvelike povećava površinu na kojoj se mogu odvijati metabolički procesi bez zauzimanja viška prostora unutar stanice. Organela je dobila ime po izgledu pod mikroskopom; slična organela, grubi endoplazmatski retikulum, ima skup granula koje proizvode proteine. Jedna od primarnih funkcija glatkog endoplazmatskog retikuluma je proizvodnja lipida, bitne komponente vanjske membrane stanice. Druga funkcija koju obavlja u svim stanicama je konačna proizvodnja glukoze, molekule za pohranu energije.
Glatki endoplazmatski retikulum također metabolizira prirodne i unesene toksine u svim tipovima stanica. Metaboliziranje prirodno proizvedenih toksina kontinuiran je proces; stanica bi brzo umrla da se ova funkcija ne provodi. Glatki endoplazmatski retikulum jetrenih stanica metabolizira obično uneseni toksin: alkohol.
Ostale funkcije glatkog endoplazmatskog retikuluma ovise o vrsti stanice. U mišićnoj stanici, na primjer, odgovoran je za oslobađanje iona kalcija kada primi signal da se mišićna stanica mora kontrahirati. Ova funkcija glatkog endoplazmatskog retikuluma toliko je specijalizirana za mišićne stanice da organela ima drugačiji naziv: skarkoplazmatski retikulum.
Druga specijalizirana funkcija glatkog endoplazmatskog retikuluma je njegova uloga u gonadama životinjskih vrsta. Umjesto oslobađanja iona kalcija, u tim stanicama pomaže u posljednjim fazama proizvodnje steroida. Jedinstvena značajka ovog procesa je da glatki endoplazmatski retikulum i mitohondriji, još jedna organela, rade zajedno u proizvodnji steroida. Ova činjenica je izuzetna jer većina organela radi kao neovisne jedinice kada održavaju životne funkcije stanice.
Određeni genetski poremećaji ometaju glatki endoplazmatski retikulum. Kod cistične fibroze tijelo ne može pravilno stvoriti određeni protein. Ovaj mutirani protein zaglavi se u glatkom endoplazmatskom retikulumu tijekom pakiranja i ne može napustiti stanicu. Kao rezultat toga, pluća osobe s ovim stanjem postaju ožiljke i njezin ili njezin životni vijek ozbiljno se skraćuje.