Reklamiranje etanola od strane mnogih vlada, ponajviše Sjedinjenih Država, dovelo je do velikih kontroverzi. U Sjedinjenim Državama, gdje se milijarde dolara novca poreznih obveznika troše na subvencije za etanol, kontroverza je postala posebno oštra, a iza toga stoji niz razloga. Mnogi se svode na temeljnu svađu oko toga je li etanol, osobito kukuruzni etanol, zaista čudesan koliko ljudi tvrde da jest.
Neki ekonomisti tvrde da kada proizvod ima inherentne vrijednosti, ljudi će ga platiti, čineći subvencije nepotrebnim. Subvencioniranje proizvodnje etanola košta poreznih obveznika, premda neizravno, i održava cijene umjetno niskim, umjesto da dopušta njihovo postavljanje u skladu s fer tržišnom vrijednošću. Ekonomisti koji žele vidjeti općenitiju promociju održive energije također tvrde da subvencije za etanol oduzimaju sredstva drugim izvorima održive energije, uključujući izvore koji su čišći, učinkovitiji i lakši za nabavku od etanola.
Subvencije za etanol također mogu igrati ulogu u eskalaciji cijena hrane iu tekućoj raspravi o hrani i gorivu. Argument je da poljoprivrednike više košta proizvodnja usjeva za hranu, budući da su ti usjevi manje subvencionirani, a cijene prenose na potrošače. Opskrba hranom također je smanjena subvencijama etanolu, pod tim argumentom, jer poljoprivrednici imaju poticaj uzgajati usjeve za etanol, pa polja koja su se nekada koristila za prehrambene kulture preusmjeravaju za uzgoj kukuruza. Smanjenje ponude može uzrokovati rast cijena, pa čak i nestašice u nekim slučajevima.
Sam etanol je gorivo upitnih vrijednosti. Zahtijeva posebno rukovanje, uključujući jedinstveno formulirani benzin za mješavine goriva i posebne tranzitne postupke koji ga mogu učiniti skupim. Također ne gori baš čisto, a energetski je manje učinkovit od benzina, što znači da će automobil koji radi na etanol ili mješavinu etanol/benzin imati manju kilometražu. Nadalje, sama proizvodnja etanola nije vrlo energetski učinkovita, a u nekim slučajevima gorivo može koštati više energije za proizvodnju i transport nego što proizvodi.
Kritičari subvencija za etanol tvrde da bi državna sredstva trebala biti usmjerena na promicanje istinski obnovljivih, inovativnih izvora energije, umjesto da se troše na gorivo upitne vrijednosti. Održavanje subvencija za etanol smatra se rasipnim prema ovom argumentu. Čini se da bi odabir cilja ciljanja sredstava dugoročno bio korisniji, čak i ako novije tehnologije nisu odmah uspješne.