Često se vjeruje da su antiseptici i antibiotici isti zbog svojih zajedničkih svojstava, ali postoji nekoliko ključnih razlika koje ih razlikuju. Antiseptici obično oslabljuju i usporavaju rast bakterija i drugih mikroorganizama, što zauzvrat pomaže spriječiti bakterije da uzrokuju daljnju infekciju. Antibiotici, međutim, zapravo ubijaju bakterije, kao i neke vrste gljivica i parazita. Za razliku od većine antiseptika, bakterije mogu postati otporne na antibiotike nakon dulje uporabe. Neki antiseptici mogu ometati proces cijeljenja i pogoršati stanje rane.
Jedna od primarnih razlika između antiseptika i antibiotika je kako djeluju protiv bakterija i drugih mikroorganizama. Antiseptici samo usporavaju rast bakterija umjesto da ih zapravo ubijaju. Međutim, za razliku od antibiotika, antiseptici su učinkoviti i na druge mikroorganizme, što ga čini potencijalno korisnim u borbi protiv drugih infekcija. Antibiotici ubijaju bakterije, ali se vjeruje da su neučinkoviti prema mnogim drugim vrstama infekcija. Vjeruje se da se antibiotici mogu boriti protiv određenih parazita i gljivica u tijelu, ali obično zahtijevaju recept jer se smatraju jačima.
Važna razlika između antiseptika i antibiotika je ta što će bakterije vjerojatno razviti imunitet na određene antibiotike nakon dulje uporabe ili ako antibiotska terapija nije dovršena. Nije potvrđeno da bakterije imaju istu reakciju s produženom primjenom antiseptika. Kako bi spriječio imunitet na antibiotike, zdravstveni djelatnik može preporučiti potpuno dovršenje antibiotske terapije kako bi se osiguralo da su sve bakterije ubijene ili korištenje različitih antibiotika za određene bolesti.
Određene vrste antiseptika također mogu inhibirati zacjeljivanje i iritirati kožu te često zahtijevaju posebne metode uporabe. Na primjer, vodikov peroksid može zahtijevati da se područje potpuno osuši prije upotrebe zavoja, dok fenol može dodatno oštetiti kožu ako se koristi zavoj. Nema poznatih sličnih nuspojava antibiotika. Stoga, ako postoji mogućnost izbora između antiseptika i antibiotika za liječenje rana na koži, općenito se preporučuje korištenje antibiotske kreme.
Zbog ograničene funkcije antiseptika, obično se koriste lokalno kako bi spriječili više bakterija i drugih mikroorganizama da uđu u otvorene rane, ali neki oralni antiseptici postoje. Postoji nekoliko rijetkih slučajeva u kojima antiseptici i antibiotici mogu biti opcija za liječenje iste infekcije, kao što su određene urinarne infekcije. U tom slučaju, težina i vrsta urinarne infekcije mogu odrediti točan tretman. Antibiotici se prvenstveno uzimaju oralno, obično u obliku penicilina, kako bi se ubila infekcija u tijelu. Malo je antibiotika koji se mogu uzimati lokalno, a kao i kod oralnih antibiotika, obično je potreban recept.