Razlika između antišpijunskog i antivirusnog softvera može uvelike ovisiti o konkretnom softveru o kojem je riječ te o tome kako su dizajnirani i razvijeni. Antispyware programi obično su dizajnirani da posebno pronađu špijunski softver na računalu i uklone ga. Ovo je prilično slično antivirusnim programima koji su razvijeni za pronalaženje i uklanjanje ili izolaciju virusa na računalu. Iako su i antišpijunski i antivirusni softver stvoreni za uklanjanje zlonamjernog softvera, oni mogu imati različite resurse za pronalaženje ovih vrsta programa, uključujući bazu podataka različitih potpisa kojoj svaka vrsta programa može pristupiti.
Ovisno o vrsti softvera u pitanju, razlike između antispywarea i antivirusnog softvera mogu biti neznatne ili nepostojeće. Antispyware programi razvijeni su da pronađu špijunski softver na računalu i zatim ga uklone kako više ne predstavlja rizik za korisnika računala. Špijunski softver obično se odnosi na programe koji mogu završiti na računalu, koje zatim prati aktivnosti iz raznih razloga. To može uključivati keyloggere koji prate pritiskanja tipki koje je napravio korisnik, a zatim šalju zapis tih poteza nekom drugom.
Upotreba antišpijunskog i antivirusnog softvera obično je namijenjena pronalaženju i uklanjanju ovih vrsta prijetnji. Antispyware softver, konkretno, može tražiti špijunske programe na računalu. To se često radi korištenjem baze podataka špijunskih potpisa, s kojom se programi na računalu uspoređuju tijekom skeniranja. Kada se pronađe podudaranje, program ili korisnik računala označava špijunski softver za uklanjanje.
Antivirusni program obično traži viruse na računalu, a to su programi koji su instalirani na računalo i uzrokuju širok raspon problema. To može varirati od brisanja informacija na pogonu do pregrijavanja sustava i fizičkog oštećenja komponenti računala. Antivirusni programi obično koriste iste metode koje koristi antispyware softver, iako mogu dopustiti da se teški programi stave u karantenu, a ne samo da se izbrišu.
Glavna razlika između antišpijunskog i antivirusnog softvera je vrsta baze podataka kojoj svaki program može pristupiti. Antispyware programi obično imaju zapis o različitim potpisima špijunskog softvera koji se koriste za referencu, dok antivirusni programi umjesto toga imaju potpise za viruse. Mnogi sveobuhvatni programi korisnicima pružaju više alata za rad sa zlonamjernim softverom, često kombinirajući i antišpijunski i antivirusni softver. Ti programi obično pristupaju velikoj bazi podataka potpisa za mnoge vrste zlonamjernog softvera, a zatim pružaju korisniku odgovarajuće alate za rješavanje pronađenih prijetnji.