U znanstvenom i biološkom smislu, primarna razlika između bakalara i vahje je njihov tip vrste. Obje ribe zapravo pripadaju istoj obitelji gadidae, ali se granaju u različite rodove, s vahnjom iz roda melanogrammus, a bakalar je član roda gadus. Općenito, ova razlika u vrstama između bakalara i vahje uvelike objašnjava razliku u izgledu, prehrambenim navikama i staništu.
Ove ribe mogu biti vrlo slične po izgledu, ali najočitija razlika između dviju riba su njihove bočne linije koje idu od glave do repa. Bakalar ima blijedu, bjelkastu bočnu liniju, dok vahnja ima tamno crnu bočnu liniju, zajedno s nekim mrljama na prsnoj peraji koja se nalazi na bočnoj strani glave. Vahnja ima dužu i šiljatiju primarnu leđnu peraju, smještenu na ribljim leđima najbliže glavi, od one bakalara. Rep vahje također ima konkavniji izgled od tupljeg repa bakalara. Obje ribe se također razlikuju po boji: čini se da bakalar ima zelenkastu, žućkastu nijansu, dok vahnja ima sivkastu, srebrnastu nijansu.
Obje ribe žive na sličnim područjima, kao što su u sjevernom Atlantiku i zaljevu Maine. Međutim, njihova dubina stanovanja razlikuje se po tome što bakalari žive u plitkim vodama od vahnji koje traže dublje vode. Bakalar ima dosta na dubini od 5 do 10 hvati (9.14 do 18.28 metara), dok vahnje naseljavaju vode od 20 do 70 hvati (36.57 do 128.01 metara). To je vjerojatno razlog zašto su bakalar skloniji prekomjernom ribolovu od vahnje. Zapravo, World Wide Fund (WWF) je 2000. godine bakalar naveo kao ugroženu vrstu, a 2010. atlantski je bakalar stavljen na “crvenu listu plodova mora” Greenpeace Internationala.
Što se tiče prehrambenih navika, bakalar i vahnja jedu sličnu hranu kao što su morski krastavci, crvi, krhke zvijezde i mekušci. Razlika je u tome što bakalar jede veće školjke i rakove, a vahnje ne. Pikvice također jedu više crva od bakalara, vjerojatno zato što su morski crvi u izobilju na dnu oceana. Bakalar bi, s druge strane, čak pokušao uloviti male morske patke blizu površine vode.
Stručni ribar ili ribič možda zna razliku između bakalara i vahnje, ali čak i kuhari mogu otkriti razliku u pogledu teksture i teksta. Bakalar je nešto mekši od vahnje kada se lagano pritisne, što je pokazatelj razlike u teksturi mesa. Meso bakalara je vlažnije i deblje, dok vahnja može imati ljuskavu i suhu konzistenciju. Bakalar i vahnja imaju sličan okus, ali mnogi kuhari kažu da vahnja ima slađi okus.