Izrazi “sjemenište” i “biblijski fakultet” često se koriste naizmjenično, ali, iako su pojmovi povezani, obično nisu sinonimi. Biblijski koledž i sjemenište obje su ustanove visokog obrazovanja i obje su usmjerene na neki aspekt proučavanja Svetih pisama; oboje također mogu dodijeliti diplome iz teologije ili elemenata religijskog učenja. To je sveobuhvatna svrha institucija u kojoj leži razlika. Većinu vremena biblijski fakulteti su preddiplomske ustanove koje svoje učenje usredotočuju na Sveto pismo i nude diplome o vjerskim temama, ali obično nude i glavne diplome iz umjetnosti i znanosti. Sjemeništa su, s druge strane, općenito diplomske ustanove u potpunosti posvećene pripremi studenata da postanu vjerski vođe.
Studenti se uglavnom odlučuju za pohađanje biblijskog koledža i sjemeništa iz različitih razloga. Biblijski fakulteti se obično naplaćuju kao redoviti fakulteti, samo s biblijskim nagibom. Studenti kršćanskog porijekla koji žele zajednicu sveučilišnog kampusa koja će njegovati njihova uvjerenja često se odlučuju pohađati biblijske fakultete. Sjemenište je namijenjeno studentima koji žele nastaviti karijeru u službi.
Većina biblijskih fakulteta zahtijeva određeni broj kreditnih sati za biblijske studije ili druge sate vjere, ali često nude diplomske programe koji se mogu usporediti sa sekularnim školama. Studenti koji završe biblijske fakultete imat će čvrste temelje u biblijskoj teologiji, ali mogu slijediti različite puteve karijere. Biblijski fakulteti obično ne osposobljavaju studente za neko određeno zanimanje, već im je cilj pružiti široko – ali biblijski usmjereno – fakultetsko obrazovanje. Biblijska diploma može biti u bilo kojem broju disciplina. Biblijsko učilište i sjemenište prvenstveno se razlikuju u tom pogledu.
Glavni cilj sjemeništa je odgajati buduće crkvene poglavare. Većina sjemeništa su institucije diplomskog studija, što znači da nude samo magisterij i doktorat. Dodiplomski studij obično je potreban prije pohađanja sjemeništa. Neka sjemeništa zahtijevaju od kandidata da imaju prethodne diplome iz religije ili teologije, kao što bi netko stekao na biblijskom fakultetu, ali ne svi.
Učenici sjemeništa pohađaju tečajeve u svom sjemeništu koji su prilagođeni pripremi za određeni posao u crkvi. Đakoni, svećenici i pastiri obično moraju biti diplomirani sjemenište prije nego što budu imenovani za vođenje u crkvama. Mnogi službenici laici također imaju diplomu sjemeništa.
Druga razlika između biblijskog fakulteta i sjemeništa često je denominacija. Postoje različite vrste biblijskih fakulteta. Dok postoje neki koji su usko povezani s određenom crkvom, mnogi drugi su interdenominacijski, usredotočujući se na zajedničku biblijsku povijest, osim na specifičnu crkvenu tradiciju. Sjemeništa su gotovo uvijek jednodenominacija. Odabir biblijskog fakulteta ili odabir sjemeništa mnogo puta ovisi o crkvenoj pripadnosti učenika.
Svaka kršćanska denominacija ima različite zahtjeve svojih vođa. U nekim crkvama, poput Rimokatoličke crkve, svećenstvo je rezervirano za muškarce. Prema tome, katolička su sjemeništa otvorena samo za muškarce, a lekcije, tečajevi i diplome koje se nude isključivo su katoličke prirode. Sjemeništa slijede učenja svoje osnivačke denominacije i obično pripremaju studente za službu u određenoj crkvi.
Ponekad škola nudi i biblijski fakultet i sjemenište. Njih dvoje će često dijeliti nastavu, ali studenti su općenito ograničeni na jedan program. Diploma biblijskog fakulteta može dovesti do upisa u sjemenište, a smještaj istih škola u jednom kampusu olakšava prijelaz. Međutim, obično nema izravne korelacije između pohađanja biblijskog fakulteta i sjemeništa.