Egzokrine i endokrine žlijezde, iako slične na neki način, služe različitim svrhama u tijelu. Egzokrine žlijezde izlučuju sluz ili proteine prema van tijela, dok endokrine žlijezde izlučuju hormone u krv. Različite tvari koje proizvode egzokrine žlijezde često se koriste za podmazivanje različitih sustava, oslobađanje tijela od štetnih mikroorganizama ili podešavanje temperature tijela. S druge strane, endokrine sekrecije obično se koriste u složenom komunikacijskom sustavu tijela i mogu uzrokovati razne promjene u tjelesnoj kemiji. Iako se i egzokrine i endokrine žlijezde koriste u raznim tjelesnim procesima, samo su endokrine žlijezde sposobne komunicirati s udaljenim sustavima u tijelu.
Jedna od glavnih razlika između egzokrinih i endokrinih žlijezda je njihov položaj u tijelu. Uglavnom, egzokrine žlijezde se nalaze blizu površine kože ili u tjelesnim šupljinama koje vode prema vanjskoj strani tijela, kao što su oči, nos, usta ili spolni organi. Probavni sustav također je dom egzokrinih žlijezda koje se mogu pronaći duž cijele duljine. S druge strane, endokrine žlijezde se često nalaze duboko u tijelu. Nadbubrežna žlijezda, smještena na vrhu bubrega, i hipofiza, koja se nalazi u mozgu, dvije su od poznatijih žlijezda endokrinog sustava.
Druga razlika između egzokrinih i endokrinih žlijezda je njihova svrha. Mnoge egzokrine žlijezde proizvode sluz, sluzavu tvar napravljenu od glikoproteina i vode, koja se koristi za podmazivanje organa kao što su oči i jednjak te za hvatanje štetnih tvari koje pokušavaju ući u tijelo kroz sluznicu. Neke od ovih žlijezda luče proteine koji mogu pomoći u probavi. Egzokrine žlijezde u blizini površine kože oslobađaju znoj, tvar koja se koristi za hlađenje tijela ako unutarnja temperatura postane previsoka.
Endokrine žlijezde luče hormone koji kontroliraju mnoge procese u tijelu. Hipofiza je odgovorna za rast i spolnu zrelost kao i niz drugih procesa. Kada se osoba dovede u opasnu situaciju, izlučevine iz nadbubrežne žlijezde upućuju na srce da brže kuca i krvni tlak da poraste u pripremi za borbu ili bijeg od opasnosti. Ove, kao i druge žlijezde u endokrinom sustavu, oslobađaju hormone u krvotok osobe, šaljući poruke koje se mogu primiti po cijelom tijelu.