Pojam flora se često koristi za sve biljke, gljive i alge u određenom okolišu, dok se fauna odnosi na životinje koje tamo žive. Znanstvena definicija flore i faune su biljke i životinje koje žive u određenom području ili vremenu. Razlika između njih proizlazi iz toga da li se raspravlja o biljkama ili životinjama.
U botanici, odnosno proučavanju biljaka, flora zapravo ima dvije različite definicije. Prvo, može značiti biljke danog okoliša ili vremenskog razdoblja, kao što je gore navedeno, ili se može odnositi na knjigu ili takvo djelo koje opisuje biljke s ciljem identifikacije. Ova prva definicija je najčešća, a odnosi se posebno na one biljne vrste koje su autohtone za to područje ili vrijeme. Autohtona vrsta, bila biljka ili životinja, je ona koja je nastala na nekom području i nastavlja rasti i preživljavati tamo bez ikakvog uplitanja ljudi. Suprotnost autohtonim vrstama su unesene.
I flora i fauna imaju daljnje klasifikacije ili podjele. Klasifikacije flore ovise o regiji, klimi, okolišu i razdoblju biljaka koje se opisuju. Podjele faune uglavnom se temelje na tome gdje životinje žive i njihovoj veličini.
Postoji mnogo različitih biljnih regija diljem planeta. Neke regije mogu biti velike kao cijeli kontinenti ili male poput močvarnih ili planinskih regija. Osim geografskih područja, klima i vremenska razdoblja mogu grupirati različite biljke u flore. Biljke se također mogu grupirati u autohtonu, poljoprivrednu i vrtnu te korovnu floru.
Postoji sedam različitih podjela faune koje se koriste, ovisno o tome gdje se životinje pojavljuju i njihovoj veličini. Infauna i epifauna su vodene životinje koje žive unutar ili na dnu oceanskog dna. Mikrofauna je mikroskopske veličine, dok je mejofauna nešto veća i živi u prodajnom i slatkovodnom tlu. Makrofauna su sićušni organizmi u tlu, veći od mejofaune, ali manji od glista i nematoda, koji su dio grupe mezofaune. Megafauna su velike životinje određenog okoliša o kojem se raspravlja.
I floru i faunu regije proučavaju odvojeno i zajedno niz različitih vrsta znanstvenika. Botaničari, odnosno biljni znanstvenici, uglavnom proučavaju floru, dok zoolozi proučavaju faunu. Ekolozi i oni koji proučavaju očuvanje promatraju oboje zajedno, jer dvije skupine ovise jedna o drugoj kako bi preživjele.