Razlike između klonazepama i alprazolama su prilično male, jer su oba lijeka u obitelji benzodiazepina i imaju slično djelovanje. Oba tretmana se koriste za anksiozne poremećaje, ali se klonazepam često propisuje i za napadaje. Doze ovih lijekova također su u nekim slučajevima različite. Na primjer, ako pacijent uzima alprazolam za panične poremećaje, trebat će mu 0.5 miligrama (mg) tri puta dnevno, ali ako isti pacijent uzima klonazepam, on ili ona će dobiti samo 0.25 mg dva puta dnevno.
Klonazepam i alprazolam se najlakše mogu razlikovati prema stanjima koja se obično koriste za liječenje. Iako su oba tretmana prikladna za primjenu u bolesnika s anksioznim poremećajima, klonazepam se također može koristiti za liječenje pacijenata koji pate od poremećaja napadaja. Lijek se može koristiti za liječenje petit mal napadaja, akinetičkih napadaja i mioklonusa. Suprotno tome, alprazolam se koristi samo za liječenje anksioznih poremećaja i napada panike. Ova razlika u učincima klonazepama i alprazolama može se objasniti razlikom u njihovoj kemijskoj strukturi i sadržaju.
Doze ovih lijekova mogu se razlikovati, čak i kada se koriste za liječenje istih stanja. Napadi panike su jedno stanje za koje se mogu koristiti oba tretmana, a ovo stanje pokazuje razliku u dozama lijeka. Pacijentu koji uzima alprazolam za napade panike potrebna je doza od 0.5 mg tri puta dnevno. Doze klonazepama su općenito niže i potrebno ih je rjeđe primjenjivati. Iako se obje mogu povećati prema potrebi, početna doza klonazepama je samo 0.25 mg dva puta dnevno, što ukupno iznosi razliku od 1 mg dnevno.
Sličnosti između klonazepama i alprazolama su očiglednije nego njihove razlike, jer lijekovi spadaju u istu opću klasu. Benzodiazepinski lijekovi naglašavaju učinke gama-aminomaslačne kiseline (GABA), neurotransmitera koji se nalazi u mozgu. Neurotransmiteri se u osnovi mogu smatrati kemijskim glasnicima, a liječnici vjeruju da su izravno povezani s anksioznošću i poremećajima raspoloženja. GABA je neurotransmiter koji usporava aktivnost mozga. U bolesnika s paničnim ili anksioznim poremećajima, pretjerana moždana aktivnost može biti katalizator napada.
Ovaj učinak i klonazepama i alprazolama na smanjenje ukupne moždane aktivnosti može dovesti do nekoliko nuspojava. Na primjer, oba tretmana mogu uzrokovati opću sedaciju, čak i pri malim dozama, a alprazolam u većim dozama također može uzrokovati probleme s govorom i pamćenjem te opći umor. Oba tretmana također mogu uzrokovati simptome ustezanja ako se uzimaju dulje vrijeme, a zatim se prekinu.